Un allèle (c'est-à-dire une version d'un gène) neutre ne confère ni avantage ni inconvénient du point de vue de la sélection naturelle. Un allèle neutre correspond, par exemple, à une mutation synonyme (ou mutation silencieuse) : un changement de nucléotide qui ne modifie pas la séquence protéique associée.
Un allèle neutre peut aussi conduire à la synthèse d'une protéine dont la fonction ne semble pas modifiée. Par exemple, les allèles de certaines globines touchent des acides aminés qui ne sont pas importants pour la structure de la protéine ni pour la fixation de l'hème.
Allèles neutres et dérive génétique
Si un allèle est neutre, son devenir est lié à la dérive génétique, c'est-à-dire à l'évolution aléatoire de la fréquence des allèles au sein de la population. Lorsqu'un allèle confère un avantage ou un désavantage, son devenir dépend de la sélection naturelle. Le polymorphisme génétique (l'existence de plusieurs allèles d'un même gène) est donc en partie lié à l'évolution des allèles neutres.
Un allèle qui semble neutre dans un environnement donné peut devenir avantageux dans un autre environnement. Un allèle peut par ailleurs être hypomorphe.
