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La cladistique consiste en une méthode de classification des individus et des taxonstaxons en fonction de leur parenté, et non simplement du nombre de caractères partagés, comme dans la vision phénétiquephénétique, considérant que certaines ressemblances sont surtout dues à un effet de convergence évolutive plutôt que d'un lien étroit entre espècesespèces. L'objectif consiste à obtenir une classification reflétant la phylogéniephylogénie des espèces. Les principes théoriques ont été définis au milieu du XXe siècle par l'entomologisteentomologiste allemand Willi Hennig.

Le cladisme et la notion de clades

Un groupe monophylétiquemonophylétique, partageant une ancestralité commune, forme un clade : les mammifères par exemple. D'après les méthodes de classification plus anciennes, un tatoutatou, sans poils, aurait été jugé plus proche au niveau de ce caractère d'un poissonpoisson, à écailles, plutôt que d'un paresseux. Pour éviter de telles approximations, des règles ont été établies.

Un caractère est dit apomorphe lorsqu'il est acquis au cours de l'évolution (exemple du poil), tandis que l'état primitif (les écailles) est dit plésiomorphe. Si malgré une comparaison avec les groupes frèresgroupes frères le caractère est unique, on parle alors de synapomorphiesynapomorphie. Puisqu'aucun autre groupe ne possède des poils, ce critère constitue une synapomorphie des mammifèresmammifères.

L'étude de l'embryologie sert également à définir la classification en clades. Un caractère apparaissant tardivement au cours de l'embryogenèse est considéré comme apomorphe.