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La lutte contre les spams sert aussi à rechercher un vaccin contre le Sida

ActualitéClassé sous :informatique , médecine , spam

Pour participer à la lutte contre le Sida, Microsoft a mis à disposition ses ressources de calcul et ses outils d'analyses pour les études menées en Afrique du Sud à l'aide du logiciel PhyloD. Le but est de puiser dans l'énorme masse de données produites et d'en tirer des enseignements précieux sur les mutations du virus. Or, un virus ressemble un peu à un spam...

David Heckerman a inventé le filtre antispam de Microsoft avant d’appliquer son savoir-faire au développement de PhyloD. © Microsoft

Chaque année, 1,8 million de personnes meurent du Sida, soit 5.000 personnes par jour. De multiples projets de recherche sont actuellement menés pour parvenir à trouver un vaccin.

Parmi ces projets, il en est un qui a reçu le soutien de Microsoft Research afin d'analyser et d'interpréter les données recueillies dans des temps très courts. Il s'agit de l'expérimentation menée à Durban en Afrique du Sud par des chercheurs du Ragon Institute du Massachusetts General Hospital du MIT, de Harvard et de l'université du KwaZulu-Natal. « Nous avons passé la dernière décennie à concevoir ici une infrastructure qui nous permette d'étudier en laboratoire les mécanismes de défense du corps à partir d'échantillons de sang de patients », explique Bruce Walker, directeur du Ragon Institute et professeur de médecine à l'université du KwaZulu-Natal.

Le défi auquel ces chercheurs sont confrontés est l'énorme quantité de données récoltées au cours de ce travail préparatoire. Le virus VIH mute en permanence pour déjouer les attaques du système immunitaire. Pour se faire une idée du phénomène, on dit qu'il peut muter sur une seule personne infectée autant de fois que le virus de la grippe a muté depuis qu'il a été identifié... Analyser le virus afin de déceler un point faible sur lequel s'appuyer pour développer un vaccin nécessite donc de pouvoir traiter et interpréter une très grande quantité de données. C'est là qu'entre en scène Microsoft... avec sa technique antispam.

Le logiciel PhyloD développé par Microsoft est dérivé des filtres antispam utilisés dans ses messageries électroniques. © Microsoft

Des années de gagnées avec le logiciel PhyloD

« Avant de travailler sur le VIH, je travaillais sur le filtrage du spam et j'ai inventé le filtre antispam, explique David Heckerman de Microsoft Research. La première chose qui s'est produite est que les spammeurs ont commencé à essayer de contourner notre filtre, comme le virus du VIH le fait avec le système immunitaire. C'est ce qui nous a donné l'idée d'appliquer nos techniques ».

De là est né PhyloD, un logiciel d'exploration de données biologiques qui permet d'analyser des cellules spécifiques en vue de sérier le virus. Les principes appliqués pour combattre le spam dans les logiciels de messagerie de Microsoft (Hotmail, Outlook, Exchange) servent aussi à combattre le Sida, souligne le géant américain.

Comme le spam peut le faire pour contourner les filtres de messagerie, le virus VIH mute en permanence pour déjouer les attaques du système immunitaire. (Vidéo en anglais.) © YouTube / Microsoft Research

Grâce à son algorithme, PhyloD répertorie les fragments du virus qui sont vulnérables aux attaques du système immunitaire. Il en tire des modèles complexes afin de comprendre comment différents systèmes immunitaires réagissent aux mutations du virus. Une condition essentielle à l'élaboration d'un vaccin. Microsoft reçoit les données envoyées par l'équipe du Ragon Institute à Durban et les traite dans l'un de ses centres de calcul. Ce qui d'ordinaire aurait pris des années à être analysé et interprété par une seule machine est ici traité en quelques jours par des milliers d'ordinateurs travaillant en parallèle. Un gain de temps inestimable.

« Tout ce que nous apprenons en étudiant le VIH nous explique comment le système immunitaire fonctionne et échoue [...]. Tout ce que nous apprenons ici sera applicable non seulement au VIH mais aussi aux cancers du sein et de la prostate et cela changera la manière dont la médecine est pratiquée », assure Bruce Walker qui termine sur une vraie note d'espoir. « Je crois fermement qu'il s'agit d'un problème que nous pouvons résoudre. Beaucoup de personnes y ont consacré leur carrière et nous continueront à travailler jusqu'à ce que nous y parvenions. »

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