Les virus influenza A ont été isolés chez un grand nombre d'espèces aviaires et chez les mammifères.


Les oiseaux sauvages sont des hôtes du virus de type A. © Le No, Flickr CC

Les oiseaux sauvages sont considérés comme le réservoir naturel des virus influenza A

Ils hébergent des virus porteurs de tous les types d'hémagglutininehémagglutinine (HA) et de neuraminidaseneuraminidase (NA) connus, même si l'on n'a pu isoler toutes les combinaisons possibles de sous-types. La plupart de ces virus apparaissent adaptés à leurs hôteshôtes naturels et sont rarement responsables d'infections dans les populations aviaires sauvages ; ils peuvent par contre disséminer à grande échelle dans l'environnement par élimination fécale. On suppose qu'en raison de leur large distribution, les virus influenzavirus influenza A quittent de façon ponctuelle cet état d'équilibre et vont coloniser d'autres espècesespèces de vertébrésvertébrés. L'hypothèse selon laquelle les virus influenza aviaires sont les précurseurs des virus grippaux adaptés et circulants chez le cheval, le porc et l'homme, prévaut actuellement (Perdue, Suarez et al. 2000 42).

Distribution des sous-types de HA. © Sigma Xi, The Scientific Research Society © Emma Skurnick, adapted from a graphic by the International Influenza Education Panel.

Distribution des sous-types de HA. © Sigma Xi, The Scientific Research Society © Emma Skurnick, adapted from a graphic by the International Influenza Education Panel.

Il en est différemment des mammifères, pour lesquels on ne connaît qu'un nombre limité de sous-types viraux.

Seulement trois sous-types de l'HA (H1, H2, H3) et deux sous-types de la NA (N1 et N2) ont été identifiés à ce jour chez l'homme. Les combinaisons A (H1N1) et A (H3N2) sont responsables actuellement des épidémiesépidémies saisonnières annuelles dans la majorité des régions du globe. Les mammifèresmammifères sont en fait des hôtes accidentels au même titre que les oiseaux d'élevage.

En raison de sa capacité à héberger et à permettre la réplicationréplication des virus influenza d'origine humaine et d'origine aviaire, le porc a été impliqué comme hôte intermédiaire servant de « creuset » à l'émergenceémergence de nouvelles souches virales à potentiel pandémique (Taubenberger, Reid et al. 1997 54) (Zhou, He et al. 1996 63) (Castrucci, Donatelli et al. 1993 12) (Kida, Ito et al. 1994 28). A ce titre, le porc jouerait un rôle particulier dans le franchissement de la barrière d'espèces. 

Le porc hôte intermédiaire. © Sigma Xi, <em>The Scientific Research Society/</em>Emma Skurnick

Le porc hôte intermédiaire. © Sigma Xi, The Scientific Research Society/Emma Skurnick

On qualifie de « virus influenza A aviaire », un virus isolé chez un oiseauoiseau ou dont les séquences de gènesgènes sont semblables à celles qui circulent habituellement chez les oiseaux et référencées comme telles dans les banques de données.