Les phages sont des virus qui infectent les bactéries. © Design Cells, Fotolia
Santé

Plus de 140.000 virus identifiés dans notre intestin !

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[EN VIDÉO] Des bactériophages pour contrer les bactéries résistantes aux antibiotiques  Les antibiotiques sont de moins en moins efficaces car les bactéries sont de plus en plus résistantes. L’Institut Pasteur travaille donc au quotidien sur des solutions dont l'une utilise les bactériophages, des virus n'infectant que les bactéries. Laurent Debarbieux, responsable du groupe Interactions bactériophages-bactéries chez l’animal, nous en parle plus en détail durant cette interview. 

Plus de 140.000 bactériophages ont été identifiés dans la lumière sombre de nos intestins ! Heureusement, ils sont inoffensifs pour les cellules humaines. Ce sont même des alliés précieux pour maintenir notre flore intestinale saine.

Le microbiote intestinal est surtout connu et étudié pour ses bactéries et leurs effets sur notre santé. Mais ce dernier est aussi composé d'autres micro-organismes comme les virus. Les scientifiques du Wellcome Sanger Institute viennent d'identifier le génome de plus de 140.000 virus différents qui évoluent tous dans nos intestins ! Ces virus ne représentent aucun danger direct pour les cellules humaines puisque ce sont des bactériophages, des virus qui s'attaquent exclusivement aux bactéries. Cette collection, appelée Gut Phage Database, est actuellement la plus détaillée réalisée à ce jour, puisque la moitié des virus identifiés étaient inconnus auparavant.

Les phages sont des virus qui infectent les bactéries. Ils possèdent un génome à ADN et certains ont une forme qui rappelle un petit robot. © evve79, Fotolia

Un aperçu unique des virus de l'intestin humain

Pour les identifier, les scientifiques ont réalisé une analyse métagénomique, c'est-à-dire qu'ils ont trié et assemblé tous les génomes présents dans un échantillon ou dans une base de données. Ici, ce sont plus de 28.000 métagénomes de microbiote humain sain qui ont été décortiqués. Les 142.809 bactériophages identifiés ici ne sont donc connus que par leur matériel génétique. Une description forcément incomplète, puisque le génome complet n'a pu être assemblé que pour moins de 10 % d'entre eux, mais il offre tout de même quelques informations sur leur biologie et les liens qu'ils entretiennent avec les bactéries. Ainsi, il apparaît que la plupart des phages sont capables d'infecter plusieurs espèces bactériennes différentes, parfois très éloignées phylogénétiquement.

Les chercheurs ont également observé des différences dans la composition des viromes intestinaux en fonction du mode de vie et de la provenance des échantillons analysés. Par exemple, les personnes vivant en Amérique du Nord, en Europe et en Asie possèdent un virome intestinal comparable, mais il est très différent de celui des personnes vivant en Afrique et en Amérique du Sud.

« La recherche sur les bactériophages connaît actuellement une renaissance. Ce catalogue de haute qualité et à grande échelle de virus intestinaux humains arrive au bon moment pour servir de modèle pour guider l'analyse écologique et évolutive dans les futures études sur les viromes », conclut le docteur Trevor Lawley, scientifique au Wellcome Sanger Institute et directeur de cette recherche.

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