Qu'elles soient chimiques, physiques ou biologiques, les pollutions entraînent des modifications du milieu.
Suivant leurs natures, les pollutions affectent la physiologie et le comportement des organismes exposés ou les caractéristiques des biotopes et donc, in fine, la composition et la structure des populations.
Altération des milieux
Autrement-dit, les substances chimiques (métaux lourds, perturbateurs endocriniens, etc.) et les effets physiques (chaleur, lumière, radioactivité) d'une part affaiblissent les organismes et leur capacité à se reproduire et d'autre part altèrent les conditions du milieu (pH, oxygène, ultra-violets...).
Modification de présence des espèces
L'ensemble de ces modifications engendre alors la disparition et l'apparition locales de certaines espèces et le développement de certains organismes au dépendant d'autres. L'introduction d'espèces invasives accroît encore plus ces déséquilibres.
Appauvrissement de la biodiversité et impact sur l'homme
Cette transformation du milieu se traduit en général par un appauvrissement de la biodiversité puis par la perturbation du fonctionnement des écosystèmes.
L'affaiblissement et la disparition des services écologiques rendus par ces écosystèmes (mécanismes d'épuration, stabilisation des sols, etc.) génèrent une dégradation généralisée du milieu de vie aussi bien pour les organismes que pour l'homme et ses activités.
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