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Sous les protéines situées sous la matrice, la capside se cache (en orange). Elle est en forme de cône, composé de 250 hexamères de 12 pentamères de protéines de capside (CA), soit 110.600 au total. Elle contient le génome du virus sous forme d'ARN. Attachée à la capside (boule grise), la cyclophiline est une protéine cellulaire qui permet d'aider le virion à décapsider l'ARN dans le cytoplasme de la cellule.
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