Des centaines de types de microbes cohabitent dans l'intestin et permettent d'aider à la digestion. Les cibles favorites de ces micro-organismes sont les polysaccharides qui proviennent de nombreux aliments.

Les polysaccharides sont dégradés en acides gras de chaîne courte pouvant représenter jusqu'à 10% des calories ingérées. En 2004, l'équipe de Jeffrey Gordon de l'Université Washington à St Louis, Missouri a découvert que la faune pouvait influencer la prise de poids mais aucun organisme n'avait clairement été identifié. Depuis leur suspicion s'est précisée sur les archéobactéries.
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Pour vérifier cette hypothèse, les chercheurs ont utilisé trois microbes du tractus digestif, deux bactériesbactéries (Desulfovibrio piger et Bacteroides thetaiotaomicron) et une archae (Methanobrevibacter smithii). Des souris sans germesgermes digestifs ont alors été soumises à différentes combinaisons de ces micro-organismesmicro-organismes.

En recevant la même quantité de nourriture, les souris ayant été inoculées par M. smithii et B. thetaiotaomicron ont leur quantité de graisse corporelle augmentée de 54% par rapport à la souris inoculée avec B. thetaiotaomicron.

En analysant les interactions de ces deux micro-organismes, les chercheurs ont montré que cette archae modifiait le comportement de B. thetaiotaomicron en améliorant l'utilisation du polysaccharidespolysaccharides le plus abondant, le fructane.

Pour le microbiologiste Martin Blaser de l'université de New York, ces données sont convaincantes et apportent une base scientifique à cette théorie à laquelle peu d'attention avait été donnée jusqu'alors. La composition de la flore intestinaleflore intestinale offre donc un nouveau champ de recherche sur l'obésitéobésité.