Même si aujourd'hui les taux de succès de clonage d'un certain nombre d'espèces mammifères approche celui obtenu lors de la fertilisation in vitro, les animaux clonés présentent des anomalies qui pourraient restreindre leur utilité en particulier comme modèles pour divers types de recherche.
Un aspect récurrent, bien décrit avec des souris clonées, concerne l'espérance de vie nettement plus courte que celles des animaux obtenus en particulier par fertilisation in vitro. Les causes peuvent être multiples et complexes.
Rudolf Jaenisch, membre fondateur du Whitehead Institute for Biomediocal Research, professeur au Massachusetts Institute of Technology, a abordé ces questions directement au niveau moléculaire. Il vient de publier des travaux (Bio World Week, Volume 13, No. 32) montrant que les souris clonées présentent une expression génétique légèrement différente des contrôles.
Il a pu relier ces différences à des modifications des patrons de méthylation des nucléotides des séquences géniques concernées. Ainsi, ces modifications qui affectent l'expression des gènes ne touchent pas les séquences concernées de la même manière entre animal cloné et contrôle alors que la séquence ADN au niveau génomique est une parfaite reproduction de l'original.
Il confirme ces observations en montrant que les descendants de souris clonées, obtenus par reproduction naturelle, présentent des motifs de méthylation normaux associés à une expression génétique similaire aux contrôles.
Les applications au clonage reproductif des mammifères, pris dans son sens strict (création d'une réplique parfaite) avec les protocoles existants apparaissent ainsi intrinsèquement limitées par des facteurs épigénétiques.