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Aujourd'hui, dresser un compte rendu de la biodiversité est complexe. Les oiseaux ou les grands mammifères sont plutôt connus, même si l'on découvre encore régulièrement de nouvelles espèces. La véritable difficulté réside dans des organismes plus difficiles à observer comme les insectes, ou encore les bactéries extrêmophiles (au fond des océans, en haute altitude...).
La biodiversité française est forte, du fait de la position de l'Hexagone au carrefour de plusieurs climatsclimats. La France est d'ailleurs classée à la quatrième position mondiale pour son patrimoine. On y trouve une moyenne de 6.000 espèces végétales et un millier d'espèces de vertébrésvertébrés différentes.
Malgré cette richesse, la biodiversité reste très menacée par l'industrialisation de l'espace français. La déforestationdéforestation, le développement des terresterres agricoles ou les changements climatiqueschangements climatiques sont parmi les principaux enjeux. Les transports ont aussi favorisé l'expansion d'espèces envahissantes, venant d'autres zones du globe, et qui peuvent représenter une menace pour les espèces résidentes.