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Dans la plupart des cas, on trouve des bactériesbactéries dans l'eau en bouteille. Celle-ci est généralement traitée en vue d'éliminer les organismes pathogènespathogènes, mais elle n'est pas stérilisée. Règle générale, l'eau stérilisée est destinée à l'industrie pharmaceutique.

De nombreuses études ont démontré que la numération bactérienne augmente en flèche après six semaines si l'eau n'est pas réfrigérée. Cependant, puisque la désinfection (par irradiationirradiation aux UVUV ou le traitement à l'ozoneozone) détruit les organismes pathogènes, ce renouvellement naturel de la flore inoffensive de l'eau ne constitue pas un risque pour la santé. Il est recommandé de réfrigérer le contenant d'eau après son ouverture au cas où des bactéries pathogènes y auraient été réintroduites lors de l'ouverture.