La perte des neurones dopaminergiques de la substance noire peut avoir plusieurs causes.
1 - Causes génétiques

Environ 10 % des cas de Parkinson sont familiaux. 13 régions chromosomiques notées PARK1 à PARK13 sont impliquées dans la maladie. Certains gènes ont été caractérisés :

Bien que plusieurs gènes impliqués dans la maladie de Parkinson aient ainsi été caractérisés, les tests génétiques sont peu pratiqués. Selon le Professeur Alexis Brice, chef de service du département de Génétique et Cytogénétique à l'hôpital de la Pitié Salpétrière à Paris : "On ne peut pas parler de dépistage pour cette maladie car les tests génétiques ne sont envisagés que dans des situations particulières". Par exemple, dans de rares cas où la maladie se déclare chez un sujet jeune (moins de 35 ans), on peut envisager de rechercher la présence d'un allèle muté de la parkine.
2 - Causes environnementales
Comme la majorité des cas de Parkinson se déclarent en l'absence d'antécédents familiaux, l'hypothèse de l'existence de causes environnementales a été envisagée. Plusieurs facteurs ont été étudiés.
Des symptômes parkinsoniens seraient induits par une exposition à l'herbicide paraquat et au fongicide maneb. Des travailleurs ayant été exposés à ces deux produits ont un risque augmenté de développer une maladie neurodégénérative. Ces deux neurotoxines conduisent à la perte de neurones dopaminergiques.
Au début des années 80, des toxicomanes qui ont utilisé une héroïne synthétique contaminée en MPTP (méthylphényltétradropyridine) ont développé une maladie de Parkinson en quelques semaines. Dans le cerveau, la MPTP est convertie en une substance appelée MPP+ qui est absorbée par les neurones dopaminergiques. Le MPP+ se concentre dans les mitochondries et affecte la production d'énergie. Le MPP+ conduit à la fabrication de radicaux libres qui favorisent la dégradation de certains composants de la cellule.
Cependant, les personnes qui ont développé une maladie de Parkinson suite à l'absorption de MPTP représentent une minorité des toxicomanes exposés à cette drogue. Par conséquent, il est possible que ces malades aient une susceptibilité génétique à cette maladie. La maladie de Parkinson pourrait donc se développer chez des personnes portant certains gènes et exposés à certains facteurs environnementaux.
L'étude des conséquences de l'absorption de MPTP a permis d'élaborer un scénario de déclenchement de la maladie de Parkinson : en raison de la trop grande quantité de radicaux libres, les neurones dopaminergiques seraient soumis à un stress oxydatif qui les conduirait à la mort.
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