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La notion d'endoderme recouvre deux sens différents en embryologie et en botaniquebotanique.

Embryologie : l'endoderme, ou endoblaste, est le feuillet embryonnaire interne qui forme le tube digestiftube digestif (à l'exception de la bouche et du rectumrectum) et les glandesglandes digestives, ainsi que les voies respiratoires.

Botanique : l'endoderme correspond à la couche la plus interne de l'écorce des racines. C'est une couche de cellules cylindriques située entre l'écorce et le cylindre centrale où se trouvent les vaisseaux qui transportent la sève.

L'endoderme constitue une barrière sélective qui contrôle le passage des substances puisées dans le sol.