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InnoDB un format de table de stockage SQLSQL au même titre que MyISAM et est obligatoire dès que l'on doit travailler avec les transactions (type ACID) et les clés étrangères. En revanche, toutes les mises à jour doivent se faire par transaction, ce qui peut ralentir le système.

Il est à noter qu'InnoDB fait un gros usage de l'espace disque et mémoire.