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Deux gènesgènes sont dits orthologues s'ils remplissent les deux conditions suivantes :

  1. Ils sont issus d'un ancêtre communancêtre commun.
  2. Ils ne sont pas le résultat d'une duplication génétiquegénétique (copie accidentelle d'un gène).

Exemple d'orthologie

Par exemple, une population d'une espèce a subit une spéciationspéciation, qui donne naissance à deux nouvelles espèces b et c, dont l'ancêtre commun est donc a.

Les gènes issus de a que l'on retrouve sous une forme peut-être sensiblement différente (car ils ont évolué après la spéciation) chez b et c sont dits orthologues.