Santé

Les bactéries intestinales reflètent notre alimentation

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Les bactéries de notre tube digestif seraient le reflet de nos habitudes alimentaires : avec un régime steak-frites et bonbons, pas étonnant que les petits Européens aient une flore intestinale qui laisse à désirer.

Une des entérobactéries les plus connues, Escherichia coli. Crédits DR.

Notre tube digestif est tapissé de bactéries, très utiles à notre bien-être digestif puisqu'elles nous procurent les enzymes nécessaires à la digestion de certains aliments. De plus, elles évitent que d'autres microorganismes mal intentionnés colonisent le tube digestif et nous rendent malades. La majorité d'entre elles sont apportées à la naissance par la mère puis par l'environnement et la nourriture. Tout au long de la vie, les populations d'entérobactéries peuvent donc évoluer.

Des scientifiques ont posé l'hypothèse que nos modes de vie et d'alimentation, trop hygiéniques et aseptisés, privent nos intestins des bonnes bactéries et conduisent à des maladies en pleine expansion dans les pays occidentaux : allergies, inflammation de l'intestin ou réactions auto-immunes. Afin de mieux comprendre les relations hôte-bactérie, des recherches sont entamées depuis quelques années. De précédents travaux ont d'ailleurs montré l'importance des virus des entérobactéries.

Des chercheurs de l'Université de Florence en Italie se sont maintenant intéressés à la comparaison des entérobactéries d'enfants européens (d'Italie) et d'enfants des régions rurales du Burkina Faso. Les enfants africains se nourrissent de manière proche de celle des hommes d'il y a 10.000 ans, aux débuts de l'agriculture. La nourriture est riche en fibres, en céréales et en protéines d'origine végétale. Les enfants européens, quant à eux, mangent beaucoup de viande, de sucre et de gras, mais très peu de fibres. Quelles conséquences pour leur flore intestinale ?

Les bactéries présentes dans les selles de 15 enfants de chaque groupe, âgés de 1 à 6 ans, ont été analysées par séquençage de l'ADN. Les bactéries ont été identifiées grâce à l'ARN dit 16S, caractéristique de chaque espèce bactérienne. Les résultats ont été publiés dans le journal PNAS.

Les bactéries des enfants burkinabés (BF) sont composées de plus de Bactéroidètes que de Firmicutes. Chez les enfants européens (EU), c'est l'inverse. © PNAS

Les enfants burkinabés peuvent digérer la cellulose

Les enfants nourris par allaitement possèdent globalement les mêmes bactéries dans les deux groupes, probablement parce qu'ils mangent la même nourriture. A l'âge où les enfants commencent à manger la nourriture typique de leur pays, les populations entérobactériennes varient fortement entre les deux groupes.

D'abord, la diversité bactérienne est bien plus grande chez les Africains. De plus, les proportions des Bacteroidètes et des Firmicutes, deux types d'entérobactéries, sont inversées. Les premières sont abondantes chez les jeunes Africains alors que ce sont les secondes qui prédominent dans les selles des Européens. Les Firmicutes sont aussi connues pour être retrouvées en abondance chez les sujets obèses, sans qu'un lien de cause à effet ne soit jusqu'à présent clairement établi.

Alors que les enfants burkinabés contiennent des bactéries du genre Prevotella et Xylanibacter, possédant des gènes capables de digérer la cellulose et le xylane (des composants fibreux des végétaux), les enfants européens en sont totalement dépourvus.

Il paraît donc clair que les habitudes alimentaires créent et maintiennent les populations bactériennes du tube digestif. Celle des enfants africains est parfaitement adaptée à leur nourriture, leur permettant de puiser l'énergie dans les fibres qui constituent le gros de leur alimentation. Ils seraient également davantage prémunis contre les inflammations ou les infections que leurs homologues italiens. La grande diversité de leur flore intestinale, certainement due à un environnement varié en bactéries et à un régime riche en fibres, leur permet aussi de s'adapter plus facilement à un régime diversifié.

Les médecins, qui ont jusque-là eu tendance à sous-estimer l'importance des bactéries intestinales, pensent maintenant mettre au point des pilules probiotiques permettant d'enrichir la flore intestinale des patients. Les conséquences pourraient aller d'un simple confort digestif à une amélioration des troubles chroniques de l'intestin.