La quasi-espèce virale désigne des sous-populations différentes d'un même virus infestant un même hôte, lorsqu'elles se répliquent à grande vitesse et avec un taux élevé de mutations. En découle alors une grande diversité génétique.
L'exemple archétypal est celui du VIH, le virus du Sida. En effet, ce virus est équipé d'une enzyme qui commet régulièrement des erreurs lors de sa réplication. Avec le temps, les virions disposent donc d'un patrimoine génétique différent, à l'origine des quasi-espèces virales qui se retrouvent dans un même individu. Elles expliquent notamment les difficultés pour guérir l’infection, car le traitement doit effectivement détruire toutes ces formes virales pour libérer l'organisme.
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