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La macroautophagie est la principale forme d'autophagie dans les cellules. Elle permet une dégradation non sélective d'une partie du cytoplasmecytoplasme. Elle commence par la formation d'une vacuolevacuole appelée phagophore qui fusionne avec des lysosomeslysosomes, des vésicules chargées de digérer les éléments intracellulaires. Ensemble, ils forment un autophagosome qui va évoluer en autolysosome, pour dégrader des protéinesprotéines mais également, quand le cas se présente, des bactéries ou virus qui infectent la cellule.

Elle permet parfois à la cellule, en cas de jeûne, de récupérer des éléments nutritifs pour continuer à survivre. Dans certains cas, elle engendre la mort cellulaire.