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Séquencer la flore intestinale : un projet ambitieux et prometteur

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Séquencer, cartographier et identifier les gènes des bactéries de notre flore intestinale : c'est le projet de l'Inra pour étudier les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin dont souffrent de nombreux Français. À terme, de nouvelles thérapies verront peut-être le jour.

La flore intestinale ou microbiote a certainement un rôle dans les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin. © SvB

Avec 100.000 milliards de bactéries, voire davantage, la flore intestinale à laquelle le consensus international fait désormais référence sous le nom de microbiote intestinal, livre peu à peu ses secrets. Il existe même aujourd'hui un projet international pour son étude. Baptisé MetaHIT, il a notamment pour objectif de cartographier l'écosystème intestinal. Cela permettrait, dans l'avenir, d'identifier nos prédispositions à certaines maladies. Le point avec Olivier Goulet, chef du service de gastroentérologie et de nutrition pédiatrique à l'Hôpital Necker-Enfants Malades de Paris.

« La flore intestinale abrite un nombre de bactéries supérieur à celui [contenu dans tout le reste] de notre organisme. Elle porte plus de gènes différents que nos propres cellules. Et son poids est supérieur à celui de notre cerveau. Voilà qui montre bien l'importance de ce monde vivant, hébergé par notre corps, explique Oliver Goulet. Nous interagissons avec lui. Nous pouvons le modifier par notre façon de nous alimenter, de vivre, par notre environnement. »

Lancé en France en 2008 par l'Institut national de la recherche agronomique (Inra), MetaHit (pour Metagenomics of Human Intestinal Tract) est un projet international à part entière. Il est soutenu par l'Union européenne, qui assure plus de la moitié de son financement : 11,4 millions d'euros pour un coût global estimé à 21 millions. Le reste provient du secteur privé. En moins de deux ans, les scientifiques ont identifié plus de 3,3 millions des gènes du microbiote intestinal. 

Analyser le microbiote

« Nos recherches visent à en établir la cartographie, mais aussi à identifier ses liens éventuels avec certaines affections. En particulier la maladie de Crohn et l'obésité, précise Oliver Goulet. Nous connaissons désormais les mécanismes à l'origine des maladies inflammatoires chroniques de l'intestin. Et nous savons qu'elles sont en partie provoquées par un déséquilibre de notre flore intestinale. »

Dans un avenir proche et grâce à des puces ADN, il sera possible de mettre au point notre propre profil de flore intestinale. Tout comme nous faisons aujourd'hui notre bilan sanguin. « Nous pourrons donc identifier des prédispositions à certaines maladies. Nous avons devant nous un champ de recherches extraordinaire, qui à terme pourrait ouvrir de nouvelles pistes thérapeutiques. Mais aujourd'hui, nous ne connaissons que la partie émergée de l'iceberg. »

Microbiote ou flore intestinale ? Pourquoi tout à coup, utiliser un mot nouveau pour parler de cette flore qui colonise notre système digestif ? « Le concept de flore intestinale a été utilisé pendant des années car il parle bien au public. Je suis très attaché à cette appellation », nous explique Olivier Goulet. En revanche, « le consensus international de scientifiques préfère s'en tenir au terme de microbiote intestinal : micro au sens microscopique, et bios signifiant vie ».

Source : interview du Pr Olivier Goulet, chef du service de gastroentérologie et de nutrition pédiatrique à l'Hôpital Necker-Enfants Malades (Paris), 5 janvier 2011 ; laboratoire de biologie virtuelle CNRS UMR 6543, faculté des Sciences, Nice-Sophia-Antipolis.