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La pollution biologique est l'introduction d'espèces exogènesexogènes ou d'organismes génétiquement modifiésorganismes génétiquement modifiés dans un milieu, ainsi que les modifications environnementales qui aboutissent à une modification des peuplements.

C'est le cas par exemple des espèces invasivesespèces invasives comme les ragondinsragondins (Myocastor coypus) qui perturbent les écosystèmesécosystèmes lacustres, des espècesespèces domestiques échappéeséchappées qui engendrent une pollution génétiquepollution génétique, ou encore de l'eutrophisationeutrophisation des plans d'eau qui génère une prolifération d'alguesalgues.