Eric Bapteste

J'ai commencé ma carrière par un doctorat en phylogénomique soutenu en 2003. J'étudiais alors les relations de parenté et l'ordre d'apparition des lignées eucaryoteseucaryotes, c'est-à-dire des organismes pourvus d'un noyau, dont nous faisons partie avec les plantes, les champignonschampignons et de nombreux unicellulaires, comme les amibesamibes. Durant ce doctorat, j'ai contribué à reconstruire l'arbrearbre généalogique (ou la phylogénie) de ces lignées, à dater leur apparition et à analyser certaines des caractéristiques de leurs ancêtres, comme le pore nucléaire.  

Mais, j'ai rapidement étendu le spectrespectre de mes études d'évolution parce que de nombreux résultats démontraient un découplage significatif entre les arbres évolutifs des gènesgènes et celui des espècesespèces, ce qui posait de sérieux problèmes au regard du cadre analytique habituel de la phylogénétiquephylogénétique, qui fait l'hypothèse que l'arbre des espèces peut se déduire des arbres de gènes. Durant mon postdoctorat, à Halifax, au Canada, dans le laboratoire de Ford Doolittle, je me suis plongé dans l'analyse des limites scientifiques et philosophiques de la phylogénétique traditionnelle, en analysant le détail de l'évolution moléculaire chez les archéesarchées et les bactériesbactéries, des organismes unicellulaires qualifiés de procaryotesprocaryotes car ils sont dépourvus de noyaux. Ces organismes qui constituent la majorité du vivant sont affectés par un processus évolutif majeur : le transfert latéral (ou horizontal) de gènes. Le transfert latéral de gènes pose à la fois des problèmes conceptuels et pratiques lors des études évolutives, que j'ai essayé de résoudre. Mon travail de post-doctorat a ainsi permis de mieux comprendre l'importance du transfert latéral chez les procaryotes grâce au développement de méthodes de détection et de représentation originales de ces phénomènes.

En parallèle, j'ai soutenu un second doctorat, en philosophie de la biologie, sous la direction de Jean Gayon, qui visait à élaborer des concepts pour penser l'évolution de façon innovante, même lorsque la phylogénétique rencontre des limites, typiquement lorsque l'évolution ne se déroule pas de façon strictement arborescente. Ces travaux d'épistémologie m'ont conduit à proposer que la diversité des processus évolutifs (hérédité verticale et transferts latéraux) se traduisait par une diversité de patrons évolutionnaires (des arbres de gènes, des forêts d'arbres, des réseaux) et par l'évolution d'une diversité d'unités évolutives (des gènes, des groupes de gènes, des génomesgénomes composites, des consortia), et par conséquent d'encourager une approche pluraliste de l'évolution moléculaire.

Plus tard, en 2007, lorsque j'ai eu la chance de devenir chercheur au CNRS, affecté dans le laboratoire dirigé par Hervé Le Guyader, j'ai continué à développer des méthodes et des concepts alternatifs pour étudier les processus d'évolution des gènes et des génomes composites (constitués de parties ayant de multiples origines plutôt qu'une origine unique) afin de contribuer à déchiffrer les règles des partenariats génétiquesgénétiques. Mon soucissoucis principal a été d'inclure dans les analyses d'évolution les éléments génétiques mobilesmobiles, qui contribuent massivement à l'évolution de la vie sur terre, mais ne sont pas représentés dans les arbres généalogiques du vivant, puisque ces éléments ne sont pas des parents attendus des cellules. De la même façon, j'ai veillé à prendre en compte les données environnementales, puisque la majorité des organismes et des éléments génétiques mobiles sont incultivables en laboratoire, et que par conséquent nos connaissances au sujet de l'évolution méritent d'être étendues au-delà des frontières des fameuses boites de Pétri. 

Ces recherches m'ont poussé à explorer des nouvelles approches pour représenter, structurer et analyser l'évolution de la diversité génétique. Tous ces travaux n'ont été possibles que grâce à un réseau de collaborateurs exceptionnels, théoriciens des graphes, informaticiens, microbiologistes, philosophes des sciences, et de brillants et sympathiques étudiants.

Tous ces sujets sont complexes, et tous les chercheurs en évolution ne partagent évidemment pas mes options pluralistes. Néanmoins, mes contributions sont reconnues internationalement, avec près de 3000 citations. En 2009, j'ai eu le grand plaisir de recevoir le prix Paoletti du CNRS, récompensant les travaux des jeunes chercheurs. Aujourd'hui, on peut trouver une soixantaine de mes publications sur les thèmes évoqués plus haut dans des revues scientifiques, et dans un livre de vulgarisation : « Les gènes voyageurs » paru chez Belin.