On a analysé le microbiote de Néandertal. © procy_ab, fotolia
Santé

Les micro-organismes intestinaux que nous avons en commun avec Néandertal

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[EN VIDÉO] Interview : le microbiote intestinal, allié indispensable du système immunitaire  Le microbiote intestinal regroupe l’ensemble des microbes présents dans notre intestin. Il permet un bon fonctionnement ainsi qu’une certaine protection du côlon. Gerard Eberl, responsable de l’unité Micro-environnement & Immunité à l’Institut Pasteur, nous en dit plus au cours de cette interview. 

Dans une récente étude, des chercheurs ont séquencé les micro-organisme fécaux issus d'échantillons archéologiques de Néandertal. En comparant ces analyses à notre microbiote actuel, il serait possible d'identifier les bactéries qui nous suivent depuis des millions d'années et qui nous sont bénéfiques d'un point de vue évolutif.

Si Néandertal avait aussi un microbiote, il avait ce luxe de ne pas être noyé par les informations rocambolesques et souvent exagérées qui circulent à son sujet. C'est de ce dernier dont nous allons vous parler dans cet article. Un groupe de recherche interdisciplinaire et international, composé de scientifiques italiens, espagnols, portugais, américains, danois, allemands et autrichiens, dévoilent la composition du microbiote de l'Homme de Néandertal obtenue à partir de l'extraction de l'ADN de sédiments fécaux. Les résultats viennent de paraître dans la revue Communications Biology.

La preuve de l'existence d'un microbiote basal ? 

En reconstruisant le profil du microbiote intestinal de l'Homme de Néandertal à partir de ces échantillons, les investigateurs proposent l'existence d'un microbiote basal, étant donné la cohérence observée entre la présence de certains micro-organismes chez l'Homme de Néandertal et dans notre microbiote actuel d'Homo sapiens sapiens. En effet, la présence de ces micro-organismes serait antérieure à la séparation des deux lignées dans l'arbre de l'évolution.

Évidemment, il existe un risque de contamination de ces échantillons ancestraux par de l'ADN moderne, mais les auteurs suggèrent que ces résultats supportent l'hypothèse de l'existence d'une évolution symbiotique de notre écosystème intestinal à travers les genres humains même s'ils restent prudents dans leur conclusion. De tels résultats auraient des implications majeures dans la définition encore très controversée de ce qu'est un microbiote « sain ». 

De tels résultats auraient des implications majeures dans la définition encore très controversée de ce qu'est un microbiote « sain ». © Alex, Adobe Stock

Quid de l'adaptation du vivant ? 

Cette idée de microbiote basal est séduisante. Mais n'est-elle pas en opposition fondamentale avec la dynamique du vivant, telle que nous la connaissons et l'avons théorisée ? En effet, n'est-il pas dans la « nature » du vivant de s'adapter constamment à l'environnement dans lequel il vit ? Dès lors, pouvons-nous vraiment parler de composition basale du microbiote, et extrapoler à partir d'une telle découverte que les bactéries que l'on retrouve chez Néandertal -- ou avant lui --, dans un environnement bien spécifique, le seront également dans notre environnement moderne qui a radicalement changé ? Un microbiote avec les même bases que celui de Néandertal serait-il forcément meilleur pour nous ? 

Pas forcément. Il serait plus adapté à la digestion d'une alimentation typique de l'époque, mais notre microbiote actuel conviendra bien mieux à la nôtre ainsi qu'à notre physiologie. De même pour les maladies dans lesquelles le microbiote est impliqué ou dérégulé. Si ces maladies l'altèrent actuellement, elles pourraient tout aussi bien altérer un microbiote plus proche de celui de Néandertal. En revanche, si ce sont les dérégulations de notre microbiote qui sont à l'œuvre dans ces pathologies, la solution réside dans le fait de modifier notre microbiote de façon à ce qu'il résiste mieux à ces maladies, ce qui ne signifie pas forcément à revenir à un microbiote « ancestral ».

Enfin, nous avons des espèces en commun avec beaucoup d'autres animaux du règne animal, comme les souris. Dès lors, deux hypothèses non exclusives se donnent à voir pour expliquer ces résultats : une coévolution très longue, entre des organismes commensaux et l'hôte ou une alimentation semblable de Homo sapiens et Homo neandertalensis. Affaire à suivre. 

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