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Premiers résultats du projet TERAPROT : une comparaison exhaustive de 70 génomes

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Le CEA, le Centre national de ressources en informatique Infobiogen et la société Gene-IT SA mettent à la disposition de la communauté scientifique internationale les premiers résultats de la comparaison de 70 génomes. Cette étude devrait permettre l'identification plus facile de gènes, leur comparaison et de comprendre leur évolution. Les conséquences, à terme, résident notamment dans la mise au point de thérapies innovantes et de nouveaux moyens de lutte pour la protection de l'environnement.

Les gènes sont au cœur des mécanismes qui gouvernent le développement et la croissance des êtres vivants. Leur identification et la détermination de leur fonction constituent l'un des enjeux actuels de la génomique. Une grande partie de l'effort international porte actuellement sur l'étude des génomes de l'homme, des animaux, des plantes et des microorganismes. La difficulté pour les scientifiques réside aujourd'hui dans l'interprétation de la masse considérable de données issues des programmes de séquençage internationaux.

Une approche privilégiée est l'analyse de l'organisation des génomes, car elle permet d'aborder des problèmes inaccessibles par l'étude de gènes isolés. L'objectif du projet TERAPROT est de faciliter la recherche dans ce domaine, en mettant à la disposition de tous les résultats de calculs qui sont hors de portée de la plupart des chercheurs et des entreprises.

Le projet TERAPROT réunit la puissance de calcul du supercalculateur Tera du CEA, la première en Europe et la 4ème au monde, les performances du logiciel LASSAP™, développé par la société Gene-IT pour l'analyse de génomes complets, et l'expertise en bioinformatique d'Infobiogen, situé sur le campus de Genopole® à Évry. Cette collaboration originale a été formalisée par la signature d'une convention, le 5 juillet dernier, entre le CEA et l'Université d'Évry-Val d'Essonne, organisme de tutelle d'Infobiogen. Pour Genopole®, ce projet est le fruit de sa politique de mise en synergie des acteurs publics et privés du pôle bioinformatique du campus. Il s'agit, pour le CEA, du premier exemple de sa volonté de faire bénéficier la communauté scientifique, chaque fois que cela est possible, des compétences et des moyens de calcul nécessaires au programme Simulation, développé pour les besoins de la dissuasion nucléaire française.

La Direction des applications militaires (DAM) du CEA a effectué ces calculs sur le supercalculateur Tera, installé depuis décembre 2001 sur le centre DAM-Ile de France, à Bruyères-le-Châtel, par la société Compaq. L'algorithme de LASSAP™ employé, qui allie sensibilité et précision, a nécessité une trentaine de milliards de comparaisons de séquences de protéines pour analyser 70 génomes de bactéries, de levures et de plantes. Le supercalculateur Tera les a réalisées en une centaine d'heures « machine ».

Les résultats obtenus seront accessibles à la communauté scientifique dès la fin du mois de juillet 2002 sur le serveur d'Infobiogen : www.infobiogen.fr.

Les partenaires du projet TERAPROT

Le campus de Genopole®, à Évry, rassemble autour de la génomique, de la post-génomique et des sciences connexes, plus de vingt laboratoires de recherche académique, des filières complètes d'enseignement grâce à l'université d'Evry-Val d'Essonne et une quarantaine d'entreprises innovantes de biotechnologies.

Le Centre de ressources Infobiogen est un pôle national pour l'informatique dédié à la génomique. Il a pour vocation d'accélérer la recherche dans le domaine en offrant des outils informatiques et en développant de nouveaux services accessibles à l'ensemble de la communauté scientifique.

Fondée en 1998, Gene-IT S.A. est une société de bioinformatique issue de l'INRIA, qui développe et commercialise une plate-forme logicielle unique de génomique comparative.
La polyvalence de sa technologie, alliée à une expertise de plusieurs années, permet à Gene-IT de proposer des licences logicielles et des contrats de recherche ou d'externalisation aux industries pharmaceutiques, agrochimiques et du diagnostic, aux sociétés de génomique et de biotechnologie, ainsi qu'aux grands centres de recherche académiques. Gene-IT a parmi ses clients de nombreux industriels en Europe et aux Etats Unis (DuPont de Nemours, NV Organon, Pfizer, Rhobio, Servier, ...), et des centres de recherche académique prestigieux tels que Infobiogen, l'Institut Pasteur, le Genoscope et l'EBI.

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