Santé

Mort subite des chênes : séquençage du génome de l'agent phytopathogène

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Une équipe de chercheurs américains, menée par Brett Tyler de l'Institut de Bio-Informatique de Virginie, et Dan Rokhsar du Joint Genome Institute en Californie, vient de réaliser le séquençage du génome du champignon pathogène Phytophthora ramorum, relançant l'espoir d'une lutte biologique contre ce parasite.

Effet du parasite sur l'écorce d'un arbre Crédit : Berkeley Lab.

La maladie de la mort brutale des chênes est une phytopathologie récemment observée, puisque le premier cas répertorié date de 1995 en Californie. Elle est causée par P. ramorum, un micro-organisme de la famille des Oomycota. Cette espèce peut parasiter plus d'une quarantaine d'espèces végétales, dont les Fagacées (chênes, châtaigniers, hêtres) et de nombreux conifères. Le parasite envahit l'arbre par l'écorce, et court-circuite la circulation de la sève élaborée. Les racines dépérissent, entraînant au final la mort de l'arbre par manque d'eau.

La dissémination est très rapide : le parasite se propage par voie aérienne et aquatique, étendant rapidement le foyer d'infection. Une véritable épidémie s'étend ainsi sur 400 km le long des côtes californiennes, et progresse depuis août 2001 dans l'Oregon. Les dégâts sont importants : pour le seul Sapin de Douglas, espèce très prisée des américains comme sapin de Noël, les enjeux économiques atteignent près d'un milliard de dollars. De plus, l'écorce de séquoias, utilisée massivement en jardinage, peut contaminer des plantes de pépinières comme les rhododendrons et les camélias. Si en Australie, l'épidémie a pu être stoppée par le déversage aérien de pesticides, une telle solution est difficilement envisageable dans ces états américains densément peuplés.

Les chercheurs américains ont présenté leurs travaux le jeudi 10 juin, au Joint Genome Institute, révélant un génome de 65 millions de paires de bases comprenant quelques 15.000 gènes. L'équipe espère que la carte du génome de P. ramorum permettra d'identifier des gènes codant pour des protéines clés du parasite, ce qui permettra alors la conception de tests de dépistage et des traitements. Actuellement il n'existe aucun moyen de détecter la présence du parasite avant que l'arbre ne montre des symptômes visibles qui apparaissent plus d'un an après sa contamination.

Everist Hansen, phytopathologiste de l'Université de Corvallis (Oregon), a accueilli ces résultats de façon mitigée : "C'est une bonne nouvelle", déclare-t-il, "mais bien qu'il s'agisse de résultats importants pour la recherche en génétique, cela ne mènera pas à une rapide disparition de cette menace environnementale". En effet, si Matteo Garbelotto, phytopathologiste à l'Université de Californie a sélectionné la souche de P. ramorum séquencée pour ses travaux, il n'envisage pas le développement d'outils de dépistage fiables avant un an, et aucun traitement avant une dizaine d'années de recherche.

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