Dans un quartier au nord de Bordeaux, un variant du coronavirus est à l'origine d'un cluster d'une cinquantaine de cas. Que savons-nous de ce variant « de Bordeaux » déjà connu des scientifiques ?

Début 2021, les autorités sanitaires au Royaume-Uni avaient mis au jour une nouvelle mutation dans la protéine S du variant anglais (B.1.1.7). Ladite mutation, E484K/Q, est présente dans beaucoup de variants préoccupants du coronaviruscoronavirus, et leur confère une résistancerésistance accrue aux anticorps neutralisants.

Après sa découverte, ce variant anglais amélioré, appelé VOC 20I/484K-Q, s'est fait plutôt discret. Jusqu'au 21 mai dernier où l'Agence régionale de Santé de Nouvelle-Aquitaine a annoncé qu'il est à l'origine d'un cluster d'une cinquantaine de cas au nord de Bordeaux, dans le quartier Bacalan.

Un variant anglais a muté début de l'année et est responsable d'un cluster à Bordeaux. © Andrea, Adobe Stock
Un variant anglais a muté début de l'année et est responsable d'un cluster à Bordeaux. © Andrea, Adobe Stock

Un variant anglais à Bordeaux

Les personnes infectées sont, pour la plupart, jeunes et non vaccinées et ont développé une forme légère de la Covid-19Covid-19 ne nécessitant pas d'hospitalisation. Selon les premiers éléments de l'enquête destinée à retracer les origines de ce cluster, les personnes -- parents et enfants -- fréquentaient la même école. 

Ce ne sont pas les premiers cas dus au variant 20I/484K-Q à être identifiés en France. Un rapport de Santé publique France (PDF à télécharger ici), publié le 21 avril 2021, indique que les enquêtes flashflash du 16 et du 30 mars ont mis au jour une dizaine de séquences appartenant au variant 2OI/484K-Q, en Ile-de-France, en Bretagne et dans les Hauts-de-France. L'origine de ces cas n'a pas pu être déterminée.

Pour limiter la propagation de ce variant encore mal connu et possiblement plus contagieux, environ 19.000 doses du vaccinvaccin Moderna ont été débloquées pour vacciner le quartier du Bacalan, y compris les personnes non éligibles. Selon l'AFP, ce vaccinodromevaccinodrome provisoire devrait sortir de terre dans quelques jours pour dépister et vacciner les quelques 8.000 habitants que compte le quartier.


Le variant anglais possède une nouvelle mutation

Article de Julie KernJulie Kern, publié le 3 février 2021 

Des scientifiques anglais ont détecté une nouvelle mutation dans la protéine S du variant anglais du SARS-CoV-2SARS-CoV-2. Cette dernière, présente dans les variants sud-africain et brésilien, pourrait lui permettre d'échapper aux anticorps vaccinaux.

Les instances de santé publique britanniques suivent de près l'évolution du variant anglais du SARS-CoV-2, appelé aussi plus trivialement B.1.1.7 VOC 202012/01. Leur dernier rapport, mis à jour le 26 janvier 2021, indique que le variant anglais possède une nouvelle mutation dans la séquence de sa protéine S. Elle n'a été observée que dans quelques séquences de la base de donnéesbase de données COG-UK. Cette dernière regroupe plus de 200.000 séquences génétiquesgénétiques du variant anglais, la mutation est présente dans onze de ces séquences.

E484K, la nouvelle mutation du variant anglais

La mutation en question est bien connue des scientifiques, il s'agit de la substitution E484K (une lysinelysine remplace un acide glutamique à la position 484) observée dans les variants sud-africain et brésilien. Avec cette dernière, le variant anglais porteporte neuf mutations différentes, rien que dans la protéine S. Si N501Y permet au virusvirus de se propager plus facilement, E484K lui permettrait d'échapper aux anticorps neutralisants.

En effet, une étude récente a souligné que la présence de la mutation E484K diminuait d'un facteur dix la capacité neutralisante des anticorps issus du sérumsérum de patients ayant eu la Covid-19. Les expériences de Moderna, qui a testé la capacité neutralisante des anticorps produits par son vaccin mRNA-1273, confirment cette observation, leur efficacité contre le variant sud-africain est diminuée d'un facteur six par rapport aux autres variants.

Pfizer et Moderna ont éprouvé l'efficacité de leur vaccin contre le variant anglais, les résultats partagés ne montraient pas de différences notables, mais la protéine S utilisée lors de ces expériences ne portait pas la mutation E484K. Pas sûr qu'ils soient identiques pour les variants anglais portant la nouvelle mutation.