Le variant anglais du coronavirus est aujourd'hui majoritaire en France. © Andrea, Adobe Stock
Santé

Le variant anglais circulait probablement dans plusieurs pays avant sa découverte

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[EN VIDÉO] 5 questions sur la nouvelle variante du coronavirus  Une nouvelle variante du coronavirus SARS-CoV-2 est à l’origine d’une nouvelle vague épidémique en Angleterre. D'où vient-elle ? Est-elle plus virulente, ou plus contagieuse ? Faut-il s'inquiéter ? 

Depuis qu'il a été identifié, le variant anglais est devenu majoritaire dans bon nombre de pays où il est présent. Mais depuis quand était-il présent ? Selon des scientifiques, il s'est échappé d'Angleterre bien avant sa détection.

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Le variant anglais du coronavirus a été repéré le 14 décembre 2020 dans des échantillons nasopharyngés en provenance du Kent et de Londres. Le séquençage de son génome met en lumière plusieurs mutations importantes dans sa protéine S, dont la N501Y responsable de ses capacités de transmission accrues. Au moment où le variant anglais est identifié, il circule donc depuis plusieurs mois en Angleterre, puisque les échantillons du Kent et de Londres datent du 20 et 21 septembre 2020 respectivement.

Après sa découverte, les pays européens se lancent aussi à la recherche du variant anglais sur leur territoire. En France, il est détecté le 25 décembre en Indre-et-Loire. Responsable de quelques cas au début, le variant anglais grappille rapidement du terrain à la souche historique D614G, majoritaire depuis le printemps 2020. Aujourd'hui, il constitue la menace principale avec 76,3 % des infections en France, contre 4,7 % pour les variants sud-africain et brésilien.

Selon les scientifiques de l'université de Hong Kong, du Texas et du Nouveau-Mexique, il est probable que le variant anglais circulait déjà en dehors de l'Angleterre avant sa détection. Ils ont calculé la probabilité de la présence du variant anglais dans 15 pays européens, mais aussi les États-Unis et l'Inde, avant décembre 2020. Dans leur hypothèse, le variant anglais a été introduit par un voyageur infecté mais asymptomatique en provenance du Royaume-Uni.

Le risque estimé de la présence du variant anglais dans 15 pays au 28 octobre 2020. © Zhanwei Du et al. Emerging Infectious Disease

Le variant anglais se propageait dès octobre 2020

Les scientifiques ont utilisé les données de localisation d'environ 2,8 millions d'utilisateurs de Facebook, qui met à disposition certaines données sur la plateforme Facebook Data for Good, durant le dernier trimestre 2020. Selon leurs résultats, le risque qu'au moins un virion du variant anglais soit présent dans 10 des 15 pays étudiés au 22 octobre 2020, essentiellement européens, est supérieur à 50 %. Au 28 octobre 2020, le risque est estimé à 100 % pour la France, l'Espagne, l'Irlande et la Grèce. Malgré sa présence précoce dans plusieurs pays, rien n'indique qu'il aurait pu être détecté plus tôt.

En effet, à son arrivée, le variant anglais n'infectait probablement qu'une poignée de personnes, peut-être asymptomatiques, qui ont facilement pu passer à travers les mailles du filet du dépistage et du séquençage. Il a fallu attendre que sa prévalence dans la population augmente pour que les RT-PCR de dépistage discordantes, témoins d'un variant du SARS-CoV-2, et leur séquençage pour que le variant anglais révèle son existence.

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