La pandémie de coronavirus est très probablement d'origine animale. © Noël Celis, AFP
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Tout indique que le marché de Wuhan a été le point de départ de la Covid-19

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Futura avec ETX Daily Up

Deux études publiées récemment dans la prestigieuse revue Science apportent des réponses sur la pandémie de la Covid-19. La théorie d'un accident de laboratoire est de moins en moins probable et l'épicentre de la propagation du SARS-CoV-2 se resserre sur le marché de Wuhan avec pour probable point de départ, une contamination par des mammifères vivants. Par quel animal réservoir ? La question reste encore sans réponse.

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[EN VIDÉO] D’où vient vraiment le SARS-CoV-2 ?  Près de deux ans après le début de l’épidémie de Covid, on ignore toujours l’origine exacte du virus du SARS-CoV-2. 

Deux études publiées mardi dans la prestigieuse revue Science concluent que la pandémie de Covid-19 a commencé sur le marché de la ville de Wuhan, en Chine, pointant ainsi vers une très probable origine animale du virus. La première étude est une analyse géographique montrant que les premiers cas détectés en décembre 2019 se concentraient autour du marché. La seconde étude est une analyse génomique du virus des premiers cas, montrant qu'il est très peu probable que le virus ait largement circulé chez les humains avant novembre 2019.

Le débat fait rage depuis le début de la pandémie entre les experts, qui cherchent encore quasiment trois ans plus tard à élucider le mystère de l'origine du virus.

Il est important de comprendre qu'il y a des scénarios possibles, et d'autres probables. Et que possible ne signifie pas tout aussi probable

L'un des auteurs de ces études lui-même, Michael Worobey, virologue à l'université d'Arizona, avait signé une lettre en 2021 appelant à considérer sérieusement l'hypothèse d'une fuite d'un laboratoire de Wuhan.

Mais les données analysées depuis « m'ont fait évoluer, jusqu'au point qu'aujourd'hui je pense aussi qu'il n'est simplement pas plausible que le virus ait été introduit d'une autre manière qu'à travers le commerce d'animaux au marché de Wuhan », a-t-il dit lors d'une conférence de presse.

Kristian Andersen, de l'institut de recherche Scripps et lui aussi coauteur de ces études, a de son côté déclaré : « Avons-nous réfuté la théorie de la fuite de laboratoire ? Non. Pourrons-nous le faire un jour ? Non. Mais je pense qu'il est important de comprendre qu'il y a des scénarios possibles, et d'autres probables. Et que possible ne signifie pas tout aussi probable ».

L’hypothèse de l’accident de laboratoire est écartée. En photo, le laboratoire P4 de Wuhan, en 2020. © Hector Retamal, AFP

La propagation du virus démarre au marché

La première étude a analysé les lieux de résidence de 155 premiers cas identifiés en décembre 2019. Les chercheurs ont montré que ces cas étaient concentrés autour du marché de Wuhan, contrairement à ceux enregistrés les mois suivants, qui eux coïncidaient avec les quartiers à forte densité, montrant la propagation du virus. De plus, parmi les cas étudiés, les personnes n'étant pas directement liées au marché résidaient plus près de celui-ci que celles y travaillant ou s'y étant rendues récemment. Cela indique qu'elles ont probablement été infectées du fait de leur proximité avec ce lieu.

Les chercheurs ont également analysé des échantillons prélevés sur le marché en janvier 2020, par exemple sur une cage ou des charriots. Leurs analyses montrent que les échantillons positifs au Sars-Cov-2 étaient concentrés dans le sud-ouest du marché, précisément là où des animaux vivants étaient vendus (dont des chiens viverrins, une espèce de blaireau, des renards...). L'animal qui aurait servi d'intermédiaire entre les chauve-souris, porteuses de coronavirus, et l'humain n'a pas été identifié.

Mieux comprendre pour éviter d'autres pandémies

La seconde étude est fondée sur l'analyse du génome du virus ayant infecté ces tout premiers cas. Elle conclut que deux lignées du virus, A et B existaient avant février 2020, et que ces deux lignées ont probablement résulté de deux événements séparés de transmission aux humains, tous deux au marché de Wuhan. De précédentes études avaient elles suggéré que la lignée B avait évolué à partir de la lignée A.

À l'avenir, les scientifiques soulignent qu'il est important de comprendre d'où venaient les animaux vendus sur le marché de Wuhan, afin de minimiser les risques futurs. Si des zones d'ombre subsistent donc, les chercheurs ont souligné que les informations disponibles sur les débuts de cette pandémie étaient en réalité très détaillées.

« Il y a ce sentiment général qu'il n'y a aucune information qui puisse nous dire quoi que ce soit sur l'origine de la pandémie de Covid-19, a commenté Kristian Andersen. C'est simplement faux ».

La Chine a régulièrement été accusée de dissimuler des informations ou de ne pas coopérer pleinement avec les enquêtes internationales. Or comprendre comment cette pandémie a commencé est crucial pour aider à empêcher de futures événements similaires, et potentiellement sauver des millions de vies. « Les pandémies n'exigent pas que l'on désigne un responsable, mais elles réclament qu'on les comprennent », a conclu Kristian Andersen.

Pour en savoir plus

Origine du SARS-CoV-2 : que dit le rapport des renseignements américains ?

Après le rapport de l'Organisation mondiale de la Santé rendu en mars dernier, les États-Unis rendent publique une partie de leurs investigations sur les origines du coronavirus, une question toujours sans réponse.

Article de Julie Kern, publié le 3 septembre 2021

La question brûlante de l'origine du SARS-CoV-2 n'est pas prête d'être élucidée. Deux hypothèses sont toujours sur la table, sans que les scientifiques ne parviennent à les départager. D'un côté, celle de l'émergence naturelle d'un coronavirus quasiment identique au SARS-CoV-2 lors d'un évènement zoonotique ; de l'autre, celle de l'accident de laboratoire, peut-être reliée à l'Institut de virologie de Wuhan qui conserve et étudie des coronavirus.

Le 24 août dernier, Joe Biden, président des États-Unis, a reçu les conclusions du rapport des investigations sur les origines du coronavirus qu'il a commandé en mai 2021 auprès de l'US intelligence community (IC), un comité qui rassemble 18 agences américaines de renseignement. Dans une forme raccourcie, les conclusions de ce rapport ont été déclassifiées le 27 août dernier. Une chose est sûre, remonter la piste des origines du coronavirus est une entreprise houleuse.

L'Institut de Virologie de Wuhan dans la province du Hubei en Chine. © CC-by-sa 4.0

Ni arme biologique ni virus génétiquement modifié

« Après avoir examiné tous les rapports de renseignements disponibles et d'autres informations, l'Intelligence community reste divisée sur l'origine la plus probable de la Covid-19. » Voilà peut-être l'information à retenir de ce rapport. L'étude des données à disposition, qui ne sont pas détaillées dans le rapport public, n'a pas permis de favoriser avec certitude l'un ou l'autre scénario. En revanche, les agences de l'IC s'accordent pour dire que le coronavirus n'a pas été fabriqué artificiellement en laboratoire pour servir d'arme biologique et qu'il n'a pas été génétiquement modifié.

L'IC considère que les deux hypothèses sont plausibles

L'enquête de l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) avait jugé que l'émergence du SARS-CoV-2 à la suite d'un évènement zoonotique était l'hypothèse la plus probable et celle d'un accident de laboratoire la moins probable. L'IC considère que les deux hypothèses sont plausibles. Après enquête, quatre agences jugent, avec un faible indice de confiance, que le scénario de la zoonose est le plus probable. Le coronavirus impliqué aurait alors plus de 99 % de similitude avec le SARS-CoV-2. Une autre agence de l'IC favorise, avec un indice de confiance modérée, le scénario de l'accident de laboratoire. Quelqu'un aurait pu se contaminer lors de la manipulation d'un animal ou lors de l'échantillonnage des virus par exemple.

Peu de certitudes donc. Néanmoins, tous s'accordent à dire que le manque de données épidémiologiques, d'échantillons issus des premiers malades ou de collaboration de l'Institut de virologie de Wuhan complique les investigations et ne permet pas de trancher en faveur de l'une ou l'autre hypothèse. Sans la coopération de la Chine, déjà demandée par l'OMS et réitérée par les États-Unis en conclusion du rapport, les recherches ont peu de chances d'avancer. 


Origine du coronavirus : l'accident de laboratoire jugé extrêmement improbable par l'OMS

Article publié le 30 mars 2021 par Julie Kern

Après leur voyage en Chine en février dernier, les experts de l'OMS partagent aujourd'hui leurs conclusions dans un rapport. Quelle est l'hypothèse la plus probable concernant l'origine du coronavirus ?

Entre janvier et février 2021, vingt-cinq scientifiques internationaux affiliés à l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) se sont rendus en Chine, dans la province du Hubei, pour enquêter sur l'apparition du coronavirus.

Le rapport de ces experts a été publié ce jour, le 30 mars 2021, et détaille leurs observations, mais surtout leurs conclusions sur les quatre hypothèses explorées concernant l'origine de la pandémie : l'accident de laboratoire, l'infection par des aliments congelés contaminés, la transmission naturelle du virus de l'animal à l'Homme directement de son réservoir ou indirectement avec l'intervention d'un hôte intermédiaire.

Les quatre hypothèses étudiées par les experts de l'OMS et leur probabilité basée sur les preuves récoltées en Chine. © Capture d'écran de la conférence de presse du 30 mars 2021 tenue par le Dr Peter Ben Embarek

L'hypothèse de l'accident de laboratoire écartée

Les experts ont étudié la probabilité de chacune des hypothèses. Celle qui est considérée comme la plus probable est l'hypothèse de la transmission du virus de l'animal à l'Homme, la chauve-souris étant toujours considérée comme le réservoir du virus. S'il est passé par un hôte intermédiaire avant d'infecter l'humain, il n'a pas pu être identifié par les experts. 

La possibilité que les premières personnes se soient infectées via des aliments congelés contaminés n'est pas exclue mais considérée comme moins probable. En effet, le coronavirus peut persister sur des aliments congelés ou sur leur emballage. Selon les experts de l'OMS, des denrées congelées importées en Chine ont également été testées positives, suggérant que le coronavirus peut survivre longtemps dans ces conditions. Malgré tout, la probabilité de se contaminer par ce biais est considérée comme faible.

Le rôle des animaux, vivants ou morts, vendus dans le marché de Wuhan, reste opaque. Les experts ont pu déterminer que le marché était bien un lieu de propagation du virus, mais pas sa source.

Enfin, l'hypothèse de l'accident de laboratoire est considérée comme extrêmement improbable, après avoir visité trois laboratoires de Wuhan, dont l'Institut de Virologie de Wuhan. Les règles de biosécurité inhérentes à la manipulation de virus étaient strictement respectées. Le génome du virus n'a pas été détecté dans les laboratoires début décembre, et aucun employé ne présentait de symptômes de la Covid-19 à cette période.

Un travail difficile et toujours en cours

Dans un communiqué de presse, Tedros Ghrebeyesus, directeur général de l'OMS a déclaré : « En ce qui concerne l'OMS, toutes les hypothèses restent sur la table. Ce rapport est un début très important mais ce n'est pas la fin. Nous n'avons pas encore trouvé la source du virus, et nous devons continuer à suivre la science et à ne rien négliger comme nous le faisons. »

Le Dr Peter Ben Embarek, un scientifique danois qui a participé à ce rapport et présenté les résultats lors d'une conférence de presse virtuelle, a insisté sur la difficulté du travail des experts sur le terrain, notamment pour accéder à certaines données brutes que la Chine aurait été peu encline à partager. 

Ce rapport n'a pu retracer les origines du coronavirus durant ce voyage, d'autres études seront nécessaires et exigeront probablement encore des mois, voire des années d'investigations. « Trouver l'origine d'un virus prend du temps et nous devons au monde entier de trouver la source afin que nous puissions collectivement prendre des mesures pour réduire le risque que cela se reproduise », conclut le directeur général de l'OMS. 

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