Le microbiote va-t-il permettre de mieux soigner les patients ?

Le microbiote correspond à l'ensemble des micro-organismes vivant dans un environnement donné. Le corps humain héberge plusieurs microbiotes : le microbiote cutanécutané, vaginal, des voies oropharyngées, des organes sexuels masculins et enfin, le plus connu le microbiote intestinal. La communauté de bactéries (et archées), champignonschampignons, et virus (des bactériophagesbactériophages) qui vit dans notre intestin est la plus dense et la plus variée.

Le microbiote intestinal est le plus étudié par les scientifiques qui recherchent son lien avec des maladies chroniques, mais aussi sa dimension thérapeutique. Pour en savoir plus sur les nombreux enjeux médicaux qui entourent le microbiote, vous pouvez consulter la fiche pédagogique « Microbiote : le deuxième cerveau va-t-il permettre de mieux soigner les patients ? » du Leem.

Le rôle naturel du microbiote

Les microbiotes humains assurent plusieurs fonctions. La présence de flore commensale sur la peau, dans le vaginvagin ou l'intestin, constitue une barrière qui limite l'implantation d'autres germesgermes potentiellement pathogènespathogènes. Le microbiote intestinal entretient aussi une relation étroite avec le système immunitairesystème immunitaire. Au niveau de la muqueusemuqueuse intestinale, les bactéries sont capables de moduler la différenciation, la maturation et l'activité des lymphocytes T. En effet, au contact des bactéries intestinales, les lymphocyteslymphocytes T deviennent tolérants à leur présence qui, habituellement, provoquerait une réaction inflammatoire.

Par ailleurs, le microbiote intestinal participe à la digestion et au métabolismemétabolisme. Les bactéries intestinales assurent la dégradation des aliments non digestibles ou facilitent la digestiondigestion des sucres complexessucres complexes comme l'amidonamidon et la cellulosecellulose. Elles synthétisent aussi des vitaminesvitamines indispensables à notre survie, mais que notre corps ne produit pas, et aussi des enzymesenzymes qui facilitent la digestion.

Le microbiote est propre à chaque individu. © PixScience pour l'Inserm

Le lien entre microbiote et maladie

L'altération des fonctions et de la composition du microbiote est connue sous le nom de dysbiose et serait en lien avec plusieurs maladies chroniques inflammatoires. Par exemple, il a été observé que le microbiote des patients souffrant de la maladie de Crohnmaladie de Crohn ou de colitecolite ulcéreuse est moins diversifié que celui des personnes saines.

Dans le cas des personnes obèses, il a été observé que certaines d'entre elles ont un microbiote moins divers par rapport aux personnes non obèses. Dans un microbiote normal, les FirmicutesFirmicutes sont prédominants (64 % des bactéries appartiennent à ce groupe), puis viennent les Bactéroïdes (23 % des bactéries intestinales appartiennent à ce groupe) et d'autres divisions. Chez les patients obèses, il y a un déséquilibre. La proportion des Bactéroïdes est plus importante au dépens de celle des Firmicutes. 

Le microbiote intestinal comme médicament

Si le microbiote est lié à des pathologiespathologies, il peut aussi être un médicament. C'est ce qu'on appelle la transplantationtransplantation fécale. Elle est basée sur le transfert d'une préparation de matièrematière fécale issue d'un patient sain vers un patient malade. En France, elle est utilisée comme traitement pour des diarrhéesdiarrhées à Clostridium difficile résistantes aux antibiotiquesantibiotiques. C'est la seule utilisation autorisée pour le moment, mais des essais cliniquesessais cliniques de transplantation fécale pour les maladies de Crohn ou le syndrome du côlon irritablesyndrome du côlon irritable sont en cours.

Article réalisé en partenariat avec les équipes du Leem