Recherche et analyse des promoteurs des gènes de la Réponse Systémique Acquise

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Détermination d'un consensus d'activation La résistance systémique acquise (RSA ou SAR) définit les systèmes mis en place par une plante après l'infection par un pathogène, qui lui permettent de se protéger contre une future infec-tion similaire. Ces systèmes sont induits après le développement d'une réponse hypersensible ré-sultant de l'accumulation d'acide salicylique au niveau du point de contact avec le pathogène.

  
DossiersRecherche et analyse des promoteurs des gènes de la Réponse Systémique Acquise
 

Résumé du mémoire d'Emmanuel Poulouin

Détermination d'un consensus

Diplôme inter-universitaire d'Etudes Approfondies de Bioinformatique de Belgique, Emmanuel Poulouin.

Les promoteurs des gènes de la Réponse Systémique Acquise sont activables par un facteur de transcription de la famille TGA-bZIP et cette RSA est absente de la plante mutante npr1 mais res-taurée par la surexpression de nim1. Ces résultats moléculaires permettent de supposer l'existence d'une activation commune à l'ensemble de ces gènes. La connaissance du génome complet d'Ara-bidopsis thaliana permet de connaître les séquences promotrices exactes des gènes RSA connus dans la littérature scientifique. Les programmes RSA-tools et Motif Sampler ont déterminé par ana-lyses informatiques depuis ces séquences un consensus d'activation. Ce consensus est similaire à celui reconnu chez PR1 par le TGA-bZIP NPR1 selon des études de biologie moléculaire. Le consensus déterminé correspondrait donc au facteur de transcription NPR1 or parmi les gènes de la RSA se trouve NPR1. De cette analyse in silico se déduit l'auto-activation de NPR1.
Le consensus déterminé, il fut possible de rechercher cette séquence précise dans l'ensemble des promoteurs du génome d'A. thaliana et ainsi d'obtenir la liste des gènes pouvant potentiellement appartenir à la RSA notamment ceux dont la fonction est inconnue.