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    Les exemples de transitions mal connues du temps de DarwinDarwin et actuellement bien documentés par les fossilesfossiles pourraient être multipliés. On peut citer, parmi beaucoup d'autres, l'origine des téléostéens, ces poissonspoissons qui constituent à eux seuls la moitié des vertébrésvertébrés actuels ;  les mammifèresmammifères, dont la transition à partir de petits « reptilesreptiles » est si bien représentée par des fossiles que la difficulté est de définir une limite nette qui marque leur origine; l'origine des tortuestortues, dont une découverte très récente vient enfin éclairer leur origine ; les chevaux, un exemple plus complexe que originellement supposé, mais bien compris aujourd'hui ; les chauves-sourischauves-souris et, bien sur, les hommes.

    Aujourd'hui les fossiles illustrent bien, voire très bien un certain nombre d'origines à travers des séries qui forment de belles transitions entre deux groupes. Il y a 150 ans, lors de la première édition de l'Origine, aucune des transitions signalées ci-dessus n'étaient illustrées par des fossiles mais en 1872 déjà, date de la dernière édition, des fossiles avaient commencé à combler certains chaînons manquantschaînons manquants. En 1891, Huxley était plutôt satisfait de la connaissance de l'histoire de la vie telle que nous les révélaient les fossiles.

    La fréquence des découvertes de fossiles importants pour transitions semble s'être accélérée ces dernières années, probablement en raison de l'exploitation scientifique de nouveaux gisementsgisements très riches. Pour la seule année 2008, on signale la découverte d'un poisson-plat-pas-encore-tout-à-fait-plat, une tortue sans véritable carapace, de nouvelles données sur les intermédiaires entre les poissons et les tétrapodestétrapodes ainsi qu'entre les reptiles et les mammifères, et une chauve-souris très primitive, entre autres trouvailles ... 

    Pourtant, on peine souvent à réaliser à quel point ces fossiles illustrent bien les phases importantes de l'histoire évolutive des vertébrés. La difficulté à apprécier ces progrès naît du fait que chaque chaînon intermédiaire nouveau ajoute deux lacunes, une de chaque côté du nouveau venu, qu'il faut ensuite combler par de nouvelles découvertes ! Cette quête sans fin peut donner l'impression que notre connaissance en ce domaine ne progresse pas car avec chaque nouveau fossile le nombre des espaces à remplir augmente au lieu de diminuer. Mais ce qui est important ici n'est pas tant le nombre des chaînons que leur taille, qui diminue progressivement au fil des découvertes. Avant la découverte de certains fossiles clés, le chaînon manquant entre les reptiles et les oiseaux était celui qui sépare un crocodilecrocodile d'une autruche. Aujourd'hui il est celui qui sépare un des petits dinosauresdinosaures emplumés du CrétacéCrétacé inférieur de Chine d'Archaeopteryx, c'est-à-dire qu'il se mesure à quelques détails ostéologiques mineurs entre deux animaux quasi-identiques ! Petit à petit, la chaîne ressemblera de plus en plus à un lien continu où les espaces ne seront plus perceptibles.