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La greffe fécale : une nouvelle forme de thérapie ?

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Face aux résistances aux antibiotiques, les médecins sont dans une impasse. Des chercheurs états-uniens confirment l'efficacité de la transplantation fécale pour évincer Clostridium difficile, un germe intestinal parfois mortel. Pourrait-on optimiser cette stratégie pour lutter contre certaines maladies chroniques comme le diabète et l'obésité ?

Clostridium difficile, une bactérie intestinale anaérobie, est le principal agent responsable de la diarrhée chez les patients sous antibiothérapie. La greffe fécale serait une alternative de traitement prometteuse. © AJC1, Flickr, cc by nc sa 2.0

L'histoire semble se répéter. Les chercheurs mettent au point une molécule miracle contre une infection bactérienne mais le germe trouve rapidement une parade et la rend caduque. Les staphylocoques, pseudomonas et clostridies sont devenus les bêtes noires des hôpitaux. Malgré les recherches intensives, certains scientifiques sont pessimistes et pensent même que la guerre contre les bactéries est en passe d'être perdue.

En quelques années seulement, la multirésistance aux antibiotiques est devenue un problème de santé publique majeur. Les chercheurs ne perdent cependant pas espoir et font preuve d'une ingéniosité sans faille pour se défendre contre les microbes. Dans une étude récente par exemple, une équipe a fabriqué des nanoéponges capables d'absorber les toxines bactériennes directement dans le sang.

Découverts il y a un peu moins d’un siècle, les antibiotiques sont de moins en moins efficaces pour lutter contre les bactéries. © sparktography, Flickr, cc by nd 2.0

Une autre approche fait progressivement son chemin. Elle n'est pas appétissante mais pourrait fonctionner. Il s'agit de la greffe fécale, autrement dit du dépôt d'une flore intestinale saine dans un intestin malade pour éradiquer les bactéries pathogènes. L'idée est simple : lorsqu'une bactérie pathogène pénètre dans le système digestif et se développe, elle perturbe l'équilibre microbien et empêche les gentilles bactéries de venir à la rescousse. En envoyant de nouveaux microbes intestinaux en renfort, les médecins espèrent exterminer l'envahisseur sans avoir recours aux antibiotiques.

Injecter de nouvelles selles dans un côlon malade

Par cette méthode, on éviterait le problème des résistances aux antibiotiques et on reconstruirait rapidement la flore intestinale indispensable à la santé. Malheureusement, un tel traitement n'est pas sans danger. Il est en effet difficile de déterminer le contenu bactérien exact de la matière fécale récoltée. Il est donc possible que des microbes dangereux y résident et entraînent une nouvelle maladie une fois injectés dans le patient.

Les recherches sur le sujet se focalisent principalement sur l'espèce Clostridium difficile (C. difficile), une bactérie responsable de graves infections intestinales et qui, comme la plupart de ses cousines, a appris à résister à la majorité des antibiotiques utilisés pour la combattre. Dans une nouvelle étude, publiée dans la revue Plos one, une équipe de l'université du Maryland aux États-Unis confirme l'efficacité de la bactériothérapie fécale.

De bonnes bactéries pour vaincre Clostridium difficile

Les chercheurs ont récolté les selles de 14 personnes en bonne santé et les ont analysées afin de vérifier qu'elles étaient dépourvues de parasites et de bactéries dangereuses comme SalmonellaShigellaYersinia ou C. difficile. Ils les ont ensuite déposées dans le côlon de 14 patients infectés par C. difficile avec un cathéter.

Grâce à des technologies de génomique et de bioinformatique, les scientifiques ont ensuite analysé la composition microbienne de l'intestin au cours du temps. Ils ont confirmé que la flore intestinale des patients contaminés par C. difficile était beaucoup moins diversifiée que celle des personnes saines, en particulier en ce qui concerne les firmicutes et les protéobacteries. Cependant, une semaine seulement après la transplantation fécale, elle redevient beaucoup plus variée et est même comparable à celle d'une personne non infectée par C. difficile. Mieux encore, les populations bactériennes injectées persistent après une année. Cela signifie que la bactériothérapie dure dans le temps et ne laisse plus l'opportunité à C. difficile de reprendre le dessus.

Une méthode applicable à d’autres maladies ?

Ces travaux confirment l'efficacité de la greffe fécale lors d'une infection par C. difficile. Les perspectives sont multiples. Des études de plus en plus nombreuses révèlent l'importance de la flore intestinale pour la santé. Les milliards de microbes qui nous habitent nous sont en effet bénéfiques à plus d'un titre : ils nous aident à bien digérer, améliorent l'efficacité de notre système immunitaire et influencent le développement de certaines maladies comme l'obésité, le diabète de type 2 et les allergies. Une étude récente a même montré qu'ils participaient au développement de la dépression !

Ainsi, en contrôlant le microbiote intestinal, les médecins pourraient non seulement vaincre les infections digestives mais également nous protéger contre certaines pathologies chroniques graves. La transplantation fécale représente une nouvelle forme de thérapie très prometteuse.