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Le coronavirus MERS-CoV retrouvé à l’identique chez une chauve-souris

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Alors que l'on cherche toujours à trouver la source de l'infection au coronavirus MERS-CoV, une étude vient de montrer qu'une chauve-souris vivante porte un virus génétiquement identique à 100 % à celui qui a tué un des patients saoudiens. Le mammifère volant a été retrouvé à une dizaine de kilomètres du lieu de vie de ce sexagénaire.

Le MERS-CoV pourrait bien venir de la chauve-souris Taphozous perforatus. Pour la première fois, on a découvert un virus identique à 100 % à celui retrouvé chez l'un des patients décédés. Mais sont-ils les vecteurs directs ou y a-t-il un hôte intermédiaire ? © Jonathan Hepstein, EcoHealthAlliance

Mais d'où vient le terrible coronavirus MERS-CoV ? Découvert pour la première fois en septembre dernier, l'origine de ce tueur microscopique n'a pas encore pu être déterminée. À priori, avec sa faible contagion d’Homme à Homme, les chercheurs penchent sérieusement pour la piste d'un réservoir animal qui continuerait à le diffuser.

Depuis le début, on suspecte les chauves-souris, ces mammifères volants étant capables de transmettre de nombreux virus à l'espèce humaine ou d'autres mammifères, comme ceux occasionnant le Sras, la fièvre de Marburg ou même la rage. De plus, elles sont connues pour porter de nombreux coronavirus. Dernièrement, la piste du dromadaire, animal domestiqué au Moyen-Orient, épicentre de l'épidémie, avait été envisagée, car des anticorps spécifiques à MERS-CoV y ont été retrouvés, bien que le virus en lui-même n'ait pas été détecté dans les camélidés.

Désormais, les suspicions se resserrent autour des chauves-souris. Une étude parue dans la revue Emerging Infectious Diseases montre pour la première fois chez un de ces chiroptères la présence d'un coronavirus identique au nucléotide près à celui qui a tué un Saoudien vivant dans la même région. Ce qui n'exclut pas pour autant la piste du dromadaire...

MERS-CoV identique à 100 % chez la chauve-souris et l’Homme

Les auteurs, dirigés par Ian Lipkin de l'université Columbia (New York, États-Unis), se sont rendus en octobre 2012 et en avril 2013 en Arabie Saoudite, pays le plus durement touché par l'épidémie de MERS-CoV, car le royaume concentre plus des trois quarts des cas humains. Trois villes ont fait l'objet d'investigations particulières, à savoir Qal'at Bishah, la capitale Riyad et Unaizah.

Le coronavirus MERS-CoV, visible ici, est apparu spontanément en 2012, alors qu'il était inconnu jusque-là. Mais d'où vient-il ? La chauve-souris semble être son origine principale. © NIAID, RML, DP

Sur les six semaines de travail sur le terrain, plus de 1.000 échantillons de sept espèces de chauves-souris ont été récupérés. Des biopsies, des analyses de sang ainsi que des prélèvements intestinaux et fécaux ont ensuite été passés au crible. Après PCR et séquençage de l’ADN, les auteurs ont remarqué que plus d'un tiers des chiroptères sont porteurs d'une large palette de coronavirus alpha et bêta.

Mais c'est du guano d'une chauve-souris appartenant à l'espèce Taphozous perforatus que la bonne surprise est venue. Récoltées dans une maison abandonnée de Qal'at Bishah, ces fèces contenaient un coronavirus MERS-CoV identique génétiquement à 100 % à celui qui a tué un patient habitant à moins de 12 km de là.

Les animaux de compagnie ou d'élevage, des hôtes intermédiaires ?

Cet homme d'affaires de 60 ans était le propriétaire d'une palmeraie de dattes à proximité. Les arbres fruitiers attirent les insectes... mais aussi leurs prédateurs, que sont les chauves-souris. Aurait-il pu rentrer en contact direct avec l'un de ces animaux ? À priori, rien ne le laisse penser, mais la piste n'est pas à exclure.

Il faut savoir que les chiroptères peuvent transmettre des maladies à partir d'aérosols contaminés qui seraient inhalés, en empoisonnant la nourriture ou des objets avec des selles contenant le virus, ou par morsure. Malencontreusement, et sans s'en rendre compte, l'homme aurait pu être ainsi infecté. Mais les recherches se portent désormais sur les quatre dromadaires qu'il possédait. Car même s'ils ne sont pas la source, les animaux de compagnie ou d'élevage peuvent être des intermédiaires entre la chauve-souris et l'Homme, par exemple.

De nombreux échantillons de moutons, de chèvres, de vaches ou de dromadaires sont également en cours d'étude. Mais du fait de la politique stricte en matière de fièvre aphteuse, ceux-ci doivent préalablement être passés au crible pour s'assurer qu'ils ne présentent aucun danger. Cela retarde l'analyse des résultats. Les échantillons de chauves-souris n'ont, quant à eux, pas à subir la batterie de tests, ce qui explique pourquoi les scientifiques ont d'ores et déjà pu fournir les résultats.

Les craintes d’une épidémie mondiale

Ce travail ne constitue donc que le début des recherches, qui s'annoncent longues et denses. Plus de 15.000 PCR ont déjà été lancées. Mais ces efforts devraient permettre de retracer l'origine et le cheminement du virus depuis sa source primaire jusqu'à nous.

Pour l'heure, MERS-CoV continue sa progression. D'après l'OMS, au 1er août dernier, 94 personnes avaient été touchées et 46 en étaient mortes, parmi lesquelles un patient français. Le second serait toujours dans un état inquiétant. Ces trois dernières semaines, de nouveaux cas ont été annoncés dans la presse, mais l'agence onusienne ne les a pas encore répertoriés.

Les autorités sanitaires mondiales craignent que l'épidémie s'accélère à l'approche du hadj, le grand pèlerinage annuel des musulmans vers La Mecque. L'Arabie Saoudite déconseille aux personnes âgées, aux jeunes enfants et aux personnes malades de venir, car ce sont les principales populations qui succombent au coronavirus. Mais le royaume sera-t-il écouté ?