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Clonage thérapeutique : des erreurs dans l’article publié dans Cell

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Le 15 mai, la revue Cell publiait sur son site Internet une étude montrant que des chercheurs avaient pu obtenir des cellules souches embryonnaires humaines par clonage. Mais très vite, un commentateur anonyme remarquait des images et des figures un peu suspectes. Une nouvelle fraude scientifique ? Pas du tout selon Shoukhrat Mitalipov, superviseur de ce travail. Pour lui, c'est juste une histoire d'empressement...

Des embryons humains ont-ils vraiment été créés par clonage ? Des erreurs dans la publication de l’équipe de Shoukhrat Mitalipov affirmant avoir réussi, laissent encore planer un petit doute, même si ces travaux sont à prendre bien plus au sérieux que ceux du Sud-Coréen Woo Suk Hwang. Les investigations ultérieures permettront bientôt de trancher clairement ce débat. © OHSU

Certains l'annonçaient déjà comme l'article scientifique de l'année : Shoukhrat Mitalipov et ses collègues de l'université de la Santé et de la science de l'Oregon (OHSU), à Beaverton (États-Unis), sont devenus les premiers à obtenir des cellules souches embryonnaires humaines à partir d'embryons clonés. La découverte a été publiée sur le site de la revue Cell le 15 mai dernier.

Mais très vite, un commentateur anonyme laissait un message sur le site PubPeer, destiné aux remarques concernant les publications scientifiques. Cette personne a fait part de quatre erreurs troublantes dans le papier. Des images et des figures auraient été dupliquées. Cela laisse-t-il présager une fraude scientifique ? Il faut se souvenir du contexte : en 2005, le Sud-Coréen Woo Suk Hwang annonçait déjà avoir réussi l'exploit du clonage humain. Mais des images trafiquées et dédoublées ont alerté certains lecteurs aguerris, qui ont voulu s'assurer de la réelle réussite de la manipulation. L'enquête a révélé la supercherie.

Sommes-nous dans une situation similaire ? Évidemment la question se pose. La communauté scientifique est prête à laisser du temps aux auteurs pour corriger ces erreurs et démontrer que les cellules souches obtenues sont bien issues d'embryons clonés. Shoukhrat Mitalipov se montre quant à lui certain que les analyses génétiques lui donneront raison et reconnaît ses erreurs, plaidant la précipitation dans la publication dont il se dit responsable.

Shoukhrat Mitalipov affirme être certain d'avoir réussi à cloner des embryons humains, desquels il a pu extraire des cellules souches. Les quelques erreurs relevées dans Cell ne remettraient pas en cause sa découverte. © OHSU

Des images de cellules souches à effacer ?

L'une des erreurs signalées concerne une image dupliquée et retrouvée dans les figures 2F et 6D. La première est décrite par les auteurs comme représentant une colonie de cellules souches embryonnaires issues d'un embryon cloné ; dans l'autre, la légende précise que ce sont des cellules souches embryonnaires obtenues après une fécondation in vitro. Paradoxal. Les auteurs admettent l'erreur, et précisent que c'est la légende qui est inadaptée et non l'image, choisie à deux reprises car ils disposaient de peu de clichés pour montrer ce qu'ils voulaient mettre en avant. Une erreur du même type a aussi été retrouvée dans les informations supplémentaires accompagnant l'article, entre les figures 6D et S5.

Ensuite, ce sont des nuages de points de la figure S6 qui font débat. Le commentateur, vigilant, signale deux graphiques scrupuleusement identiques. Shoukhrat Mitalipov reconnaît la faute et précise que la mauvaise courbe va être remplacée par la bonne.

Enfin, toujours dans cette même figure, le critique scientifique s'étonne d'une similitude trop proche entre le profil de l'activité génique de deux lignées de cellules souches, issues d'une même colonie originelle. Cette fois, pour les chercheurs américains, cela ne relève pas de l'erreur mais bel et bien des résultats qu'ils ont obtenus, accessibles à tous.

Les analyses ADN des cellules souches feront foi

Pourquoi ces erreurs ? La communauté scientifique s'accorde à dire que les figures incriminées ne sont pas fondamentales dans la découverte, ce qui laisse à penser que le cœur de la question, à savoir la réussite d'un clonage d'embryons humain, n'est pas compromis. Shoukhrat Mitalipov a envoyé des échantillons de ces cellules souches qui vont être analysés pour trancher le débat. Si la performance a vraiment été réalisée, alors l'ADN mitochondrial sera celui de la personne qui a donné les ovocytes, tandis que l'ADN nucléaire appartiendra à l'individu ayant fourni les cellules de la peau nécessaires dans cette expérience. La réponse pourrait être fournie d'ici quelques jours.

Avant d'annoncer avoir réussi à cloner des embryons humains, desquels on peut extraire des cellules souches (à l'image) en vue d'une utilisation thérapeutique, Shoukhrat Mitalipov et ses collègues étaient les premiers à réussir la même performance chez le singe. Ils ne sont donc pas tout à fait novices en la matière... © Eugene Russo, Plos One

Les explications pourraient donc résider ailleurs. Le papier a été envoyé en relecture à la revue Cell le 30 avril dernier. Le 3 mai, après quelques corrections mineures, il était accepté et publié 12 jours plus tard. Un délai anormalement court pour un article scientifique en général, et d'autant plus pour un papier de cette ampleur. Les chercheurs du monde entier s'étonnent donc du manque de précaution dont a fait preuve la revue.

Shoukhrat Mitalipov assume sa part de responsabilité. Il précise dans Nature News avoir fait le forcing pour une publication rapide, de manière à pouvoir parler de sa découverte lors d'un congrès de spécialistes en juin prochain. Une excuse qui en surprend certains, qui soulignent que les délais auraient pu être malgré tout reculés, et que Cell avait déjà fait paraître des articles après que les auteurs les ont explicités dans des conférences.

Le clonage thérapeutique pas forcément remis en question

À titre d'exemple, ces mêmes auteurs avaient déjà étonné le monde scientifique en réussissant la performance quelques années plus tôt (2007) chez des singes. Dans ce cas, la revue Nature, qui avait publié ces travaux, avait attendu six mois avant parution. Pour Shoukhrat Mitalipov, le contexte est ici différent. Lui et ses collègues avaient déjà fait preuve de sérieux, et leurs recherches étaient connues et surtout reconnues. Le magazine Cell se serait alors montré bien plus serein quant à l'authenticité de cette découverte.

Néanmoins, la revue travaille actuellement avec les scientifiques pour mettre au point un erratum, afin de tirer au clair tous les points problématiques intelligemment soulevés. Dans un commentaire de l'article, Cell fait savoir malgré tout que ces critiques sont mineures et le journal semble sûr de l'honnêteté intellectuelle de l'équipe de chercheurs. Toutes les réponses seront peut-être disponibles dans l'édition du 6 juin de la revue, qui y publiera la version papier de l'article concerné.