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L’ancêtre du VIH n’aurait pas 70.000 ans, mais 5 millions d’années

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L'ancêtre du virus du Sida pourrait prendre un sacré coup de vieux ! Alors qu'on pensait que ses cousins infectaient les primates depuis quelques dizaines de milliers d'années, voici qu'une étude, basée sur une méthode de datation originale, estime que ces lentivirus existeraient dans notre grande famille depuis au moins 5 millions d'années. Si ce n'est pas plus encore...

Le plus célèbre des lentivirus est le VIH, ici schématisé. Pourtant, il est très récent et serait passé du chimpanzé à l'Homme dans la première moitié du XXe siècle. Ses ancêtres ne séviraient pas depuis des millénaires comme on le pensait, mais depuis plusieurs millions d'années, alors que le genre humain n'existait pas encore sur Terre. © Los Alamos National Laboratory, Wikipédia, DP

Depuis quand les primates luttent-ils contre le Sida ? Cette question revêt toute son importance lorsqu'on cherche à comprendre les origines du VIH. Les études ont démontré que le lentivirus à l'origine de la pandémie de Sida affecte l'Homme depuis au moins 1933, bien que certains pensent qu'il y a déjà eu auparavant des contaminations, mais à une échelle trop petite pour engendrer une épidémie d'ampleur mondiale.

On le sait aussi, le VIH descend de son équivalent simien : le VIS, présent chez plus de 40 espèces de primates. La forme humaine la plus fréquente, le VIH-1, est issue d'une souche de chimpanzé, et diffère beaucoup du VIH-2, bien moins courant, dont l'ancêtre se retrouve chez des petits singes appelés mangabeys.

En 2010, la revue Science publiait un article qui démontrait que le VIS existait chez les singes depuis plusieurs dizaines de milliers d'années : au minimum 32.000 ans, au maximum 74.000 ans. Ce fut déjà une révolution puisqu'on pensait avant cela que ces lentivirus n'avaient pas plus de quelques siècles. Pourtant, une nouvelle recherche, publiée dans Plos Pathogens, établit leur origine à plusieurs millions d'années. Au moins 5, peut-être 12...

Une coévolution qui change la génétique

C'est du moins la conclusion des travaux menés par deux chercheurs américains, Alex Compton et Michael Emerman, du Fred Hutchinson Cancer Research Center de Seattle. À la différence de leurs prédécesseurs qui ont estimé l'âge de ces lentivirus en fonction de leurs taux de mutation, ces deux scientifiques se sont focalisés sur les traces d'une coévolution génétique entre le virus et ses hôtes.

Au lieu de se concentrer sur les mutations dans le génome du VIS, les scientifiques ont cherché les traces d'une sélection naturelle dans les gènes de résistance au VIS chez diverses espèces de singes. Ces gènes existeraient depuis au moins 5 millions d'années, preuve que les virus auraient déjà sévi à cette époque reculée. © Peter Artymiuk, Wellcome Images, Flickr, cc by nc nd 2.0

Bien qu'aujourd'hui, les singes semblent le plus souvent insensibles au VIS, il n'en a pas toujours été ainsi. Dans le génome des primates, on retrouve les traces ancestrales d'une sélection naturelle : les individus disposant des gènes leur conférant une résistance à ces virus survivaient mieux. De son côté, le virus devait muter pour franchir les défenses de ses hôtes primates. Un cercle vicieux s'est ainsi instauré.

Parmi les gènes de l'hôte permettant une résistance à l'infection, on trouve Apobec3g. Il a été montré qu'il empêchait une des protéines du virus, nommée Vif, d'agir, et bloquait ainsi la réplication du pathogène. Du fait de la coévolution et de la course pour la survie, ce gène a progressivement muté pour s'adapter à son ennemi. C'est à partir des datations de ces mutations que les chercheurs ont entrepris de dater les origines des lentivirus.

L'ancêtre du VIH prend 5 millions d'années d'un coup

Ce n'est pas le génome humain qui a été scruté, mais celui de chimpanzés, de gorilles, d'orangs-outans ou encore de macaques. Chez ces primates, les analyses montrent qu'on observe des traces de sélection naturelle au niveau de ce gène depuis au moins cinq ou six millions d'années. Plus fort encore : une insertion génique, conférant une protection contre la protéine virale Vif, a été repérée chez des petits singes de la sous-famille des colobinés, suggérant une infection datant de 12 millions d'années.

Cela nous repousse très loin en arrière. Mais durant ce laps de temps, les espèces de primates ont su s'adapter, de manière à développer une résistance pleinement effective contre « leur » Sida. Pour notre part, il faudra trouver un traitement efficace avant d'attendre que la sélection naturelle fasse son œuvre, car cela nous promettrait encore bien des millénaires difficiles.