Par son aspect, le manchot de Humboldtmanchot de Humboldt ressemble un peu à celui du Cap. Seule la zone géographique les distingue véritablement. Il vit en petites colonies, ou rookeries, et niche dans des anfractuosités rocheuses ou dans des terriers creusés sous le guanoguano. C'est un oiseauoiseau sédentaire qui ne migre pas. Il est également dépendant des eaux froides du courant dont il porteporte le nom pour s'alimenter, et craint les effets d'El NiñoEl Niño sur la quantité de zooplanctonzooplancton nécessaire aux poissonspoissons dont il se nourrit.
Les intempéries provoquées par ces épisodes chauds, provoquent parfois l'effondrementeffondrement des terriers, entraînant une mortalité importante. S'il se déplace maladroitement sur le sol, il « vole » littéralement lorsqu'il est dans l'eau ou il fait preuve d'une dextérité et d'une vitessevitesse stupéfiante. L'espèceespèce est vulnérable aux prédateurs marins que sont les orquesorques, les requins, les otaries à crinièreotaries à crinière, et sur terreterre aux incursions des renards et de l'exploitation des œufs et du guano par les hommes.
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