Après une longue route, le parebrise de la voiture se retrouve souvent constellé d'invertébrés écrasés. En grattant ces restes, serait-il possible de déterminer la biodiversité en insectes des régions traversées grâce à l'analyse de l'ADN ? Un article du Genome Research répond à cette question. C'est oui.

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    Les derniers instants d’une libellule, juste avant le parebrise et le pipeline métagénomique. © Timitalia CC by

    Les derniers instants d’une libellule, juste avant le parebrise et le pipeline métagénomique. © Timitalia CC by

    Les avancées du séquençageséquençage génétiquegénétique ont atteint de telles capacités qu'il est possible d'effectuer des analyses à une échelle et une profondeur encore inenvisageables il y a peu. La métagénomiquemétagénomique permet notamment de séquencer de l'ADNADN sans préparation, directement à partir d'échantillons récoltés dans la nature d'une manière quelconque, voire brutale, par exemple comme des insectes collés sur un pare-brise.

    Traditionnellement utilisée pour l'étude des bactériesbactéries, la métagénomique peut aussi être appliquée pour mesurer la biodiversité d'organismes complexes. Le directeur de recherche Anton Nekrutenko, de l'Université de Penn State, et son équipe l'ont brillamment démontré avec deux voituresvoitures.

    Mouche à longues pattes (<em>Condylostylus</em>), bientôt en exclusivité sur un pare-brise ? © Opo Terser CC by

    Mouche à longues pattes (Condylostylus), bientôt en exclusivité sur un pare-brise ? © Opo Terser CC by

    La bouillie d’insectes, c’est excellent !

    Ces deux voitures ont effectué deux trajets bien différents, l'une de la Pennsylvanie au Connecticut et l'autre du Maine à New Brunswick au Canada. A l'arrivée, les chercheurs ont gratté les parebrises des véhicules qui avaient bien sûr accumulé des insectes. Cette bouillie a été introduite dans le pipelinepipeline métagénomique Galaxy développé pour l'occasion.

    Un tel pipeline incorpore toutes les étapes de l'analyse d'ADN, depuis le traitement des données de séquençage brutes jusqu'à la conception d'arbres d'évolution. La technique s'est révélée excellente et des résultats directement exploitables ont pu être obtenus.

    « La métagénomique est encore une "science molle", signale Nekrutenko, où l'identification précise de l'abondance des espèces dans des échantillons complexes [contenant de l'ADN de plusieurs espèces] est un très, très grand défi. » De plus, les banques de données ADN sont encore pauvres en taxons d'insectes, mais la baisse des coûts devrait permettre d'étoffer rapidement le catalogue génomiquegénomique des espèces. A quand une installation généralisée dans tous les lavomatiques ?