L'Homme de Néandertal, dont on voit ici une reconstitution réussie (à gauche, bien sûr) a légué des gènes à Homo sapiens (à droite, évidemment). Notre espèce a aussi en elle les gènes d'une autre lignée, celle de Denisova, et les a conservés ou non, selon les régions. La génétique éclaire ainsi l'histoire de la famille humaine, faite de migrations, de métissages et d'adaptations à des environnements multiples. © Neanderthal Museum, Mettmann, Allemagne, CC by 4.0

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Dans nos gènes se cache l’ADN d’espèces humaines disparues

ActualitéClassé sous :paléontologie , anthropologie , Homme de Denisova

Jean-Luc Goudet, Futura-Sciences

En Nouvelle-Guinée, la population conserve dans ses chromosomes un peu du génome du mystérieux Homme de Denisova. Une nouvelle étude révèle les métissages qui ont eu lieu entre lui et l'Homme moderne mais aussi avec Néandertal. Les humains ont su conserver les gènes qui les arrangeaient…

Nos ancêtres se sont hybridés avec l'Homme de Néandertal, mais aussi avec l'Homme de Denisova, ce cousin vieux de 30.000 ans découvert dans une grotte de Sibérie. Initialement, seul un os avait été découvert mais le séquençage de l’ADN (mitochondrial) a été très bavard et cette espèce humaine est devenue par la suite la première à être mieux connue par l'analyse génétique que par les ossements. Ce qui a conduit à d'étonnantes conclusions.

Des gènes néandertaliens existent toujours chez les humains actuels, dispersés dans la population. Chacun de nous n'en a que peu, ou pas du tout, mais on estime que la moitié du génome néandertalien subsiste chez les Hommes actuels, disséminé en morceaux (source : John Hawks, hors-série La Recherche, n°17, 2016). Quant à Denisova, il a légué des gènes retrouvés aujourd'hui à l'est de l'Asie, en Mélanésie et chez les aborigènes d'Australie. Mais quels gènes ? Et à quoi nous servent-ils ?

C'est aujourd'hui la piste que suit l'infatigable Svante Pääbo, de l'institut Max-Planck de Leipzig, en Allemagne, qui avait séquencé l'ADN de Néandertal (celui du noyau et non plus des mitochondries, donc responsable des caractères héréditaires) puis, en 2010, celui de l'Homme de Denisova. Dans une publication parue dans Science, lui et son équipe décrivent une étude génétique sur 1.523 personnes venues de différentes régions du globe, dont 35 de l'archipel Bismarck, en Papouasie-Nouvelle-Guinée. Les chercheurs ont comparé ces données à celles obtenues sur les génomes de Néandertal et de l'Homme de Denisova. L'étude montre que certaines régions des génomes modernes contiennent parfois des gènes anciens alors que d'autres en sont systématiquement dépourvues.

L'analyse génétique des restes de Néandertaliens a montré que des Hommes modernes non africains (ici les Chinois Han, les Français, les habitants de la Papouasie-Nouvelle-Guinée) ont hérité de 1 à 4 % de leurs gènes de l’Homme de Néandertal, probablement en raison de métissages. Les Dénisoviens, eux, ont légué de 4 à 6 % de leur matériel génétique aux Mélanésiens. Sur ce schéma, les flèches (notées f) indiquent les transferts successifs de gènes entre Néandertaliens (Neandertal), Denisoviens (Denisova) et Mélanésiens (Melanesian). N représente la taille effective des populations ; t et tGF (sur l'échelle du temps) marquent une séparation entre deux populations et la période où les flux de gènes ont eu lieu. © David Reich, Harvard Medical School, 2010

L'histoire des lignées humaines est bien compliquée

Ces résultats éclairent - mais compliquent encore - la longue histoire humaine. Selon eux, les gènes néandertaliens se retrouvent en différents endroits du génome. Homo sapiens (notre espèce) s'est donc hybridé plusieurs fois (« au moins trois ») avec Néandertal. En revanche, avec l'Homme de Denisova, l'aventure s'est déroulée durant une seule période, courte. Les gènes qui subsistent aujourd'hui chez les Mélanésiens, expliquent les auteurs, concernent les fonctions immunitaires. Cet apport génétique aurait aidé les nouveaux habitants de ces îles à résister aux pathogènes locaux. D'autres gènes dénisoviens auraient donné aux Tibétains une meilleure adaptation à l'altitude.

Moralité de l'histoire, selon les auteurs : la persistance de gènes archaïques dans notre génome (appelée introgression) s'explique à la fois par les croisements, donc l'histoire des populations humaines, et par l'utilité de ces gènes pour les humains modernes. Là où ils étaient utiles, ils ont été conservés. Ailleurs, ils ont été remplacés.

L'étude apporte aussi un éclairage supplémentaire sur le mystérieux Homme de Denisova, connu par cette phalange d'une enfant, accompagnée de quelques dents, qui a vécu en Sibérie il y a 30.000 ans. Manifestement, l'espèce avait voyagé sur de grandes distances et semble être hybridée avec d'autres espèces qu'Homo sapiens. Son histoire est donc aussi compliquée qu'elle est longue. Les 7.000 ossements du site de La Sima de los Huesos, au nord de l'Espagne, et semblant appartenir à 28 squelettes, ont été attribués à Homo heidelbergensis, vieux de 400.000 ans environ. Le matériel génétique, des mitochondries et du noyau, avait montré pour l'un des caractères néandertaliens et, pour l'autre, des similitudes avec Denisova. Les deux lignées ont donc dû diverger il y a environ 430.000 ans, concluent les chercheurs. Avant, peut-être, de se retrouver, bien plus tard...

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