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L'Hominidé de Denisova : un nouveau cousin vieux de 30.000 ans

Le séquençage d’une partie importante du génome d’un Hominidé de sexe féminin trouvé dans la grotte de Denisova, dans les montagnes de l'Altaï, au sud de la Sibérie, confirme ce que son ADN mitochondrial avait déjà révélé. Il y a 30.000 ans vivait dans cette région des humains n'appartenant ni à la famille des Hommes de Néandertal ni à celle des Hommes de Cro-Magnon.

Le séquençage et l'analyse du matériel génétique extrait des restes de Néandertaliens, récupérés par exemple dans la grotte Vindija en Croatie, ont montré que des hommes modernes non-Africains (les Chinois Han, les Français, les habitants de la Papouasie-Nouvelle-Guinée) ont hérité de 1 à 4 % de leurs gènes de l’Homme de Neandertal, probablement en raison de métissages qui se sont produits dans la population ancestrale de tous les non-Africains issus des régions du Levant et de l’Afrique du Nord. Aujourd'hui, les scientifiques ont également découvert que les Denisoviens ont légué de 4 à 6 % de leur matériel génétique aux Mélanésiens. Sur ce schéma, les flèches indiquent les transferts successifs de gènes entre Néandertaliens, Denisoviens et Mélanésiens. © David Reich, Harvard Medical School Le séquençage et l'analyse du matériel génétique extrait des restes de Néandertaliens, récupérés par exemple dans la grotte Vindija en Croatie, ont montré que des hommes modernes non-Africains (les Chinois Han, les Français, les habitants de la Papouasie-Nouvelle-Guinée) ont hérité de 1 à 4 % de leurs gènes de l’Homme de Neandertal, probablement en raison de métissages qui se sont produits dans la population ancestrale de tous les non-Africains issus des régions du Levant et de l’Afrique du Nord. Aujourd'hui, les scientifiques ont également découvert que les Denisoviens ont légué de 4 à 6 % de leur matériel génétique aux Mélanésiens. Sur ce schéma, les flèches indiquent les transferts successifs de gènes entre Néandertaliens, Denisoviens et Mélanésiens. © David Reich, Harvard Medical School

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On se souvient que l’équipe de l'Institut Max Planck d'anthropologie évolutionnaire à Leipzig (Allemagne) menée par Svante Pääbo a récemment publié les résultats de ses travaux sur le séquençage de l’Homme de Néandertal. Il en découlait qu’il y a avait bel et bien eu un métissage entre les Hommes de Néandertal et les Homo sapiens en Europe et en Asie, mais pas en Afrique. Une faible partie du génome de l’Homme de Néandertal survit donc en nous.

La même équipe, complétée par d’autres chercheurs et toujours menée par Svante Pääbo, vient de publier un article dans Nature portant sur le séquençage du génome porté par l’ADN extrait d’un fragment de doigt d’une petite fille âgée de cinq à 10 ans lors de sa mort. Ses restes provenaient d’une grotte dans les montagnes de l'Altaï au sud de la Sibérie. C’est en 2008 que des chercheurs russes avaient fait la découverte de ce fragment de doigt, ainsi qu’une dent, dans la grotte de Denisova. Des objets trouvés dans la grotte au même niveau que les fragments osseux ont été datés par le carbone 14 entre 30.000 et 48.000 ans BP.


Un diaporama en anglais sur le site de fouille de Denisova et l'extraction puis le séquençage de l'ADN des restes fossiles. © Lisa Raffensperger, National Science Foundation

Une première étude de l’ADN mitochondrial avait déjà montré qu’il était très probable que l’on était en présence de restes d’Hominidés nouveaux, qui, bien que contemporains de l’Homme de Cro-Magnon et de l’Homme de Néandertal, n’étaient identiques à aucun d’entre eux. Un article sur cette étude avait été publié par Nature en avril 2010.

Notons que d'un point de vue moderne, il serait plus juste d'employer le terme Hominine pour désigner ce nouveau cousin.

Mettant à profit son expertise acquise avec l’analyse du génome de l’Homme de Néandertal, la nouvelle équipe menée par Pääbo a rapidement entrepris de séquencer le plus possible de l’ADN de l’Hominine fillette de Denisova, miraculeusement bien conservé dans le fragment de doigt. Les nouveaux résultats obtenus ont stupéfié les chercheurs, des résultats là aussi exposés dans un article récent de Nature.

Une histoire plus complexe que prévue

Ces résultats confirment non seulement ce que l’on pensait des Hommes de Denisova, qui forment maintenant une branche distincte de l’arbre généalogique de genre Homo, mais ils montrent également que 4 à 5 % du génome de Mélanésiens, comme ceux de Nouvelle Guinée et de l’île de Bougainville, provient des Denisoviens.

Une fois de plus, l’Histoire de l’Humanité apparaît de plus en plus complexe, avec un buissonnement et des hybridations que l’on était loin d’imaginer il y a 40 ans. 

En effet, les dents des Hominines de Denisova font penser à celles de Homo habilis et Homo erectus. Mais selon leur ADN ils proviendraient d’un ancêtre commun aux Néandertaliens qui aurait quitté l’Afrique il y a entre 300.000 et 400.000 ans, engendrant les Néandertaliens en Europe et les Denisoviens dans la région de l'Altaï (voir schéma ci-dessous). Plus tard, au contact des hommes modernes sortis d’Afrique il y a entre 70.000 et 80.000 ans, un métissage aurait laissé la trace génétique aujourd’hui retrouvée chez les Mélanésiens.

Surtout, le fait que les Denisoviens ont été découverts dans le sud de la Sibérie, mais ont contribué au matériel génétique des populations humaines modernes en Asie du Sud, suggère que leur population pourrait avoir été très répandue en Asie au cours de la fin du Pléistocène.


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