1 - Les inclusions protogéniques
Elles existent avant la formation du cristal . Un cristal qui sert de germe par exemple, s'il n'est pas de la même nature que le cristal qui se forme deviendra une inclusion. Un cristal incorporé dans un autre aussi, ce qui peut entraîner des fractures lors du refroidissement de la solution parce que les coefficient de contraction ne sont pas les mêmes pour les deux cristaux.

Fluorine avec inclusion de tourmaline
Un cristal radioactif aura aussi une influence sur le cristal hôte et provoquera une auréole de couleur due à l'effet de la radioactivité sur l'hôte.
On peut ainsi avoir de l'apatite dans une saphirine, de la calcite dans du quartz.

Inclusion d'or dans du quartz

Pyrite dans du quartz
2 - Les inclusions syngénétiques.

Rutile dans du quartz

Saphir étoilé

Schéma du saphir étoilé
3 - Les inclusions épigénétiques
Elles se forment après la croissance du cristal et sont souvent liées au précédentes. Dans le cas que nous avons vu ci-dessus, si le liquide résiduel pris dans la cavité permet la cristallisation d'un autre cristal, à l'intérieur de la cavité, il est évident que ce deuxième cristal est épigénétique parce que postérieur au premier.

Liquide et gaz dans du quartz
On a ainsi toute une série de quartz biterminé de Berbes en Espagne qui se développent dans des milieux sédimentaires chauds et assez agités dans lesquels se trouvent des hydrocarbures. Il reste une goutte de pétrole liquide dans la cavité après cristallisation de la silice résiduelle de la solution mère, et parfois il y a un autre petit cristal avec la goutte ou une bulle de gaz, probablement du méthane.

Quartz de Berbès avec inclusion fluide de pétrole observé en lumière fluorescente bleue à ultra-violets courts
On pourrait ainsi avoir plusieurs inclusions proto-syn-et épigénétiques dans le même cristal qui vont nous raconter l'histoire mouvementée de ce dernier.