La stromatolite, ou stromatolithe, (tapis de pierre, en grec) est une formation rocheuse calcaire formant des massifs en forme de chou-fleur.
Les plus anciennes datent de 3,5 milliards d'années. Celles récemment formées sont très rares et se rencontrent dans des eaux très peu profondes et chaudes (plus de 25 °C), douces ou salées, notamment dans les sources chaudes du Parc de Yellowstone ou dans le lac Thetis, en Australie.
L'origine biologique des stromatolites est avérée pour les roches récentes, de moins de 350 millions d'années. Elle est le fait de micro-organismes, comme des cyanobactéries, qui précipitent le bicarbonate en carbonate de calcium.
Cette origine biologique est discutée pour les stromatolites plus anciennes. Un travail publié en février 2008, d'une équipe franco-américaine (Institut de physique du globe, Institut national des sciences de l'univers, Stanford Synchrotron Radiation Laboratory), sur des stromatolites australiennes, a démontré l'origine biologique de spécimens datés de 2,724 milliards d'années.