Un milieu oligotrophe, souvent une masse d’eau, est un milieu pauvre en nutriments.
Dans ces milieux, la biomasse est généralement faible mais la biodiversité est élevée car les organismes qui y ont évolué ont développé des stratégies originales et spécialisées.
Par conséquent, tout enrichissement (eutrophisation) de ces milieux aboutit le plus souvent à menacer leur biodiversité.