Ils forment la base du système de recyclage de la matière dans tous les écosystèmes: ils sont représentés par les microorganismes et les invertébrés du sol. Tous les animaux impliqués dans le compostage en font partie à des titres divers.

Image de penicillium, champignon microscopique ( moisissure).
Ils peuvent appartenir aux groupes suivants : En gras le nombre d'individus estimés par m2 de sol
- Bactéries : elles sont très nombreuses, à 0,5m de profondeur elles sont jusqu'à 200 000 par gramme de terre ! ex : azotobacter
- Champignons : moisissures, actinomycètes,
- Protozoaires : 1 000 000 000 000 amibes, vorticelles…
- Rotifères : 600 000
- Annélides : 800 lombrics + 200 000 Enchytréides
- Nématodes : 20 000 000 très nombreux, un embranchement qui a beaucoup de succès et peut-être un million d'espèces ! mais ils causent aussi de nombreux dégâts…
- Arachnides : 200 araignées du sol, ex : Eresidae
- Acariens : 400 000 très nombreux aussi. Les Oribates, essentiellement saprophages, participent très activement à la dernière étape de fragmentation de la matière organique. Les Gamasides sont surtout des carnivores, prédateurs d'autres microarthropodes et de petits vers.
- Collemboles : 400 000 longtemps considérés comme des insectes primitifs de la sous-classe des Aptérygotes, les collemboles sont maintenant placés dans une classe à part, celle des Entognathes
- Insectes : 20 000 courtilières, guêpes, coléoptères divers et variés ! par exemple et larves d'insectes : larve du taupin, du hanneton
- Crustacés : 200 cloportes
- Myriapodes : 3 000 iules et mille-pattes par exemple la scutigérèle
- Et quelques « macro-animaux » comme : escargots 1000, taupes, musaraignes, campagnols, etc…

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